Онлайн BLAST


Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности

По заданному 300-нуклеотидному фрагменту, используя программу megablast, определила какому организму принадлежит данный фрагмент.

Поиск гомолога белка человека в слоне

Выбрала белок человека "Серин/треонин - протеин киназу Nek2", идентификатор которого в Swiss-Prot начинается с той же буквы "N" - NEK2_HUMAN. Получила последовательность данного белка, ее длина 445. На сайте ENA провела поиск гомолога этого белка в геноме африканского слона.

Таблица 1. Параметры лучшей находки программы ENA Sequence Search

Е-value лучшей находки 1E-236
Длина 445
Identity полученного выравнивания 92
Координаты найденного гена в геноме слона scaffold_148 [243887<-232992]
Количество интронов в данном гене слона 7

Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST

Нашла одну из тРНК в геноме бактерии Ruegeria pomeroyi. Бактерия относится к порядку Rhodobacterales.
Последовательность тРНК:
>SPOA_tRNA-Phe-1
gcccgggtagctcaggggtagagcagtggattgaaaatcctcgtgtcggtggttcgattccgcccccgggcacca
Провела поиск гомологов данной последовательности по всем бактериям, относящимся к тому же порядку.

Таблица 2. Сравнение алгоритмов выравнивания

Алгоритм Число находок с e-value < 0,001
megablast 62
blastn с параметрами по умолчанию 64
blastn с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1 91

Так как megablast ищет очень близкие гомологи, а blastn – любые гомологи, то в первом поиске результатов меньше, чем в последующих.

Сравнение программ BLASTN и MegaBLAST

Ниже приведены три результата поиска в виде таксономических деревьев.







Для cравнения длины выравниваний для одних и тех же находок при разных параметрах поиска выбрала Thalassobacter arenae. Полагаю, что третий результат улучшился, потому что были уточнены параметры blast (поставлены чувствительные).



© Novikova Maria, 2013
Последнее обновление: 26.11.2013