Классификация ферментов (EC)


Сбор информации о своем ферменте

Мне был выдан фермент P04629 - рецептор фактора роста нервов высокой аффинности. Его ЕС-код - 2.7.10.1. Числа кода означают: 2 - трансфераза, 7 - перенос фосфоро-содержащих групп, 10 - протеин-тирозин киназы, 1 - рецептор протеин-тирозин киназы. Схема катализируемой реакции: ATP + a [protein]-L-tyrosine = ADP + a [protein]-L-tyrosine phosphate.

Сколько ферментов человека с близкими функциями описано в Swiss-Prot?

В базе данных Swiss-prot с помощью SRS нашла 1723 белка человека с тем же классом, 959 - с тем же классом и подклассом, 95 - с тремя одинаковыми уровнями классификациями, 52 - полностью классификация совпадает.

Насколько сохраняется функция фермента у белков со сходными последовательностями?в

С помощью UniProt получила список всех белков мыши (Mus musculus) из Swiss-Prot, у которых класс совпадает с таковым моего фермента. Полученный результат сохранила в виде двух файлов, в одном из них - последовательности в Fasta-формате, в другом — текстовая таблица, в которой против ID каждого белка указан его полный EC-код.

Всего было найдено 1398 белков, у 705 из них совпадает подкласс по EC (второе число), у 95 — также и третье, у 52 — вся классификация.

Пользуясь программой blastp, нашла среди белков, найденных в предыдущем пункте, сходные по последовательности с моим ферментом. Порог по e-value поставила равный 1. Всего нашлось 100 белков. Результаты выдачи программы представила в таблице 1.

Таблица 1. Зависимость ЕС-кода от номера находки.

Номера находки в выдаче BLASTa Название белка EC-код
1 Q3UFB7 2.7.10.1
2 Q6VNS1 2.7.10.1
3 P15209 2.7.10.1
4 Q61006 2.7.10.1
5 Q9Z139 2.7.10.1
6 Q62371 2.7.10.1
7 Q60751 2.7.10.1
8 Q9WTL4 2.7.10.1
9 Q03146 2.7.10.1
10 Q9Z138 2.7.10.1
11 P15208 2.7.10.1
12 P97793 2.7.10.1
13 P08923 2.7.10.1
14 P16092 2.7.10.1
15 P35546 2.7.10.1
16 Q03145 2.7.10.1
17 Q03142 2.7.10.1
18 P21803 2.7.10.1
19 Q61851 2.7.10.1
20 Q78DX7 2.7.10.1
21 Q60629 2.7.10.1
22 Q4JIM5 2.7.10.2
23 Q8CBF3 2.7.10.1
24 P29319 2.7.10.1
25 P00520 2.7.10.2
26 O09127 2.7.10.1
27 Q922K9 2.7.10.2
28 Q61772 2.7.10.1
29 Q60750 2.7.10.1
30 P54763 2.7.10.1
31 Q03137 2.7.10.1
32 P97504 2.7.10.2
33 Q03526 2.7.10.2
34 P42682 2.7.10.2
35 P70451 2.7.10.2
36 Q62270 2.7.10.2
37 P16056 2.7.10.1
38 P24604 2.7.10.2
39 Q62413 2.7.10.1
40 Q9QVP9 2.7.10.2
41 P54754 2.7.10.1
42 P34152 2.7.10.2
43 Q60805 2.7.10.1
44 P16879 2.7.10.2
45 P35991 2.7.10.2
46 Q00993 2.7.10.1
47 Q06806 2.7.10.1
48 Q8BYG9 2.7.10.1
49 P09581 2.7.10.1
50 P54761 2.7.10.1
51 P25911 2.7.10.2
52 P55144 2.7.10.1
53 P35969 2.7.10.1
54 Q02858 2.7.10.1
55 Q62120 2.7.10.2
56 P43404 2.7.10.2
57 P05480 2.7.10.2
58 P39688 2.7.10.2
59 P08103 2.7.10.2
60 P16277 2.7.10.2
61 Q01887 2.7.10.1
62 P35917 2.7.10.1
63 Q62190 2.7.10.1
64 P06240 2.7.10.2
65 Q64434 2.7.10.2
66 Q9R117 2.7.10.2
67 P41241 2.7.10.2
68 O54967 2.7.10.2.7.11.1
69 P14234 2.7.10.2
70 Q04736 2.7.10.2
71 Q5XJV6 2.7.11.1
72 Q61527 2.7.10.1
73 P41242 2.7.10.2
74 P35918 2.7.10.1
75 P52332 2.7.10.2
76 Q80YE4 2.7.11.1
77 P70424 2.7.10.1
78 Q01279 2.7.10.1
79 Q3TYD6 2.7.11.1
80 Q62137 2.7.10.2
81 P26618 2.7.10.1
82 Q61526 2.7.10.1
83 P48025 2.7.10.2
84 P05532 2.7.10.1
85 P05622 2.7.10.1
86 Q00342 2.7.10.1
87 Q99ML2 2.7.10.2
88 Q3U1V8 2.7.11.25
89 Q1HKZ5 2.7.11.25
90 Q6J9G1 2.7.10.2
91 Q60700 2.7.11.25
92 Q80XI6 2.7.11.25
93 Q66L42 2.7.11.25
94 Q8VDG6 2.7.11.25
95 Q9ESL4 2.7.11.25
96 Q99N57 2.7.11.1
97 P53668 2.7.11.1
98 Q60855 2.7.11.1
99 P18654 2.7.11.1
100 P28028 2.7.11.1

Из данных, представленных в таблице, видно, что полностью функция с моим ферментом сохранилась у первой 21 находки, следовательно, их мы и будем считать достоверными гомологами. Далее вниз по таблице следуют 50 находок, у которых совпадают три уровня классификации, а затем тем белки, у которых совпадает два уровня классификации. Что интересно, ферменты, имеющие одинаковый ЕС-код с моим ферментом, встречаются в разных местах выборки, но их нельзя считать достоверными гомологами, когда уровень покрытия их меньше 70%.





© Novikova Maria, 2013
Последнее обновление: 12.04.2014