Киотская энциклопедия генов и геномов (KEGG)


Определение метаболических путей, в которых участвует фермент MOC2A_HUMAN

В документе Swiss-Prot с описанием белка можно найти идентификатор гена в KEGG: hsa:4338. В соответствующем документе KEGG приведено описание метаболический путей («Pathways»), ассоциированных с геном:

Метаболические пути, ассоциированные с геном hsa:4338

Идентификатор KEGG Английское название Русское название
hsa00790 Folate biosynthesis Биосинтез фолата
hsa01100 Metabolic pathways Метаболические пути
hsa04122 Sulfur relay system Система передачи/обмена серой

Ниже приведено изображение карты биосинтеза фолата (здесь, и далее по нажатию на изображение доступен его просмотр в увеличенном размере).

Биосинтез фолата

Поиск структурных формул заданных соединений в KEGG

С помощью поиска по базе лигандов (KEGG > KEGG2 > KEGG LIGAND) можно установить формулы структурных соединений, в частности L-лизина и ацетил-СоА. Структурные формулы для L-лизина (L-Lysine, C00047) и ацетил-СоА (Acetyl-CoA / Acetyl coenzyme A, C00024) приведены на следующих изображениях:

L-лизин

Ацетил-СоА

Поиск метаболического пути от одного заданного вещества к другому

С помощью инструмента работы с картами метаболических путей (KEGG > KEGG PATHWAY > Search&Color Pathway) можно найти карты, в которых присутствуют оба соединения: L-лизин и ацетил-СоА, а затем найти путь, соединяющий два вещества. Для этого в поле ввода запроса следует записать идентификаторы соединений и желаемый цвет их окраски:

C00024 red
C00047 green

Из найденных карт была выбрана карта пути биосинтеза лизина (Lysine biosynthesis). С использованием этой карты было найдено два пути одинаковой длины, соединяющие эти вещества. Они имеют направление (от ацетил-СоА к L-лизину) и состоят из следующей цепочки последовательных ферментативных реакций:

Выбранные цепочки ферментативных реакций

Карта: биосинтез лизина.
Путь: ацетил-СоА → L-лизин.
Цепочка 1: ацетил-СоА ↔ гомоцитрат ↔ гомо-цис-ацонитат ↔ гомоизоцитрат ↔ 2-оксоадипат ↔ L-2-аминоадипат → 5-аденил-2-аминоадипат → α-аминоадипоил-S-ацил энзим → L-2-аминоадипат-6-семиальдегид ↔ L-сахаропин ↔ L-лизин.
Цепочка 2: ацетил-СоА ↔ гомоцитрат ↔ гомо-цис-ацонитат ↔ гомоизоцитрат ↔ 2-оксоадипат ↔ L-2-аминоадипат → LysW-γ-L-α-аминоадипат → LysW-γ-L-α-аминоадипил-6-фосфат → LysW-γ-L-α-аминоадипат-6-семиальдегид → LysW-γ-L-α-лизин → L-лизин.

Найденные пути можно отметить на карте, если в поле запроса ввести идентификаторы заданных и всех промежуточных соединений:

Для цепочки 1 Для цепочки 2
C00024 red
С01251 yellow
С04002 yellow
C05662 yellow
C00322 yellow
C00956 yellow
С05560 yellow
C05535 yellow
C04076 yellow
С00449 yellow
C00047 green
C00024 red
С01251 yellow
С04002 yellow
C05662 yellow
C00322 yellow
C00956 yellow
C19886 yellow
C19887 yellow
C19888 yellow
C19889 yellow
C00047 green

На приведённой ниже карте начальное соединение выделено красным цветом, конечное – зелёным, промежуточные – жёлтым.

Найденные пути, отмеченные на карте


© Novikova Maria, 2013
Последнее обновление: 15.03.2014