Haloarcula marismortui

Ссылки: На главную

КРАТКАЯ ИНФОРМАЦИЯ ОБ АРХЕЕ:

ТАКСОНОМИЯ АРХЕИ

  1. Домен: Archaea
  2. Царство: Euryarchaeota
  3. Тип: Euryarchaeota
  4. Класс: Halobacteria
  5. Отряд: Halobacteriales
  6. Семейство: Halobacteriaceae
  7. Род: Haloarcula
  8. Вид: Haloarcula marismortui


В геноме: 2 хромосомы и 7 плазмид.



Хромосома или плазмида:

Кол-во пар нуклеотидов:

Кол-во генов в ДНК:

Процент ДНК занятой генами:

Chromosome I 3131724 3134 62.4%
Chromosome II 288050 281 57.2%
Plasmid pNG100 33303 36 54.3%
Plasmid pNG200 33452 42 55.6%
Plasmid pNG300 39521 40 60%
Plasmid pNG400 50060 51 57.3%
Plasmid pNG500 132678 131 54.5%
Plasmid pNG600 155300 166 58.3%
Plasmid pNG700 410554 362 59.1%

Мои комментарии:

По запросу статей о Haloarcula_marismortui изданных после 2000 года, было найдено 33 статьи.
Геном этой археи секвинирован, для того, чтобы понять благодаря каким физиологическим
особенностям этой археи удаётся выживать в столь экстремальных условиях.

Статьи об архее


Photochem Photobiol. 2010 Jun 14. [Epub ahead of print] Phototaxis of Haloarcula marismortui Revealed Through a Novel Microbial Motion Analysis Algorithm.
Lin YC, Fu HY, Yang CS.
Institute of Microbiology and Biochemistry, National Taiwan University, Taipei, Taiwan.
Краткое изложение статьи:
Haloarcula marismortui описывалась как неподвижный организм, до недавнего обнаружения жгутиковых нитей, предпалогающих подвижный характер. В этой статье авторы наблюдали передвижение клеток молодых культур H. marismortui и отслеживали траектори плаванья с помощью технологии "ImageJ". Траектории H. marismortui, в действительности, создают много шумов (помех), что вызывает трудности при анализе движения этой археи ранее разработанным алгоритмами. Благодаря введению функции "window vector," Microsoft Excel-VBA-implemented, появилась возможность анализа микробного движения. Разделение неплавающих от плавающих клеток без эмпирического вмешательства стало возможным благодаря применению power-law relationship и уменьшению шумов от броуновского движения, что позволило повысить точность идентификации перемещения. Авторы также использовали этот метод для анализа фототаксиса данной археи, который, вероятно, определяют два чувствительных (сенсорных) родопсина: HmSRI и HmSRII обнруженные у Н. marismortui ранее. Для них было показано, что они являются посредниками положительного и отрицательного фототаксиса соответственно. Так была выявлена фотоактивность Н. marismortui. Такие приспособления среди архей были описаны только у данной археи и у Halobacterium salinarum.
Ссылка на статью

PMID: 20553410 [PubMed - as supplied by publisher]

Английский текст

Haloarcula marismortui has been described to be nonmotile prior to the recent identification of flagellar filaments, suggesting the motile nature of H. marismortui. Here we observed the locomotion of freshly cultured H. marismortui cells and tracked the swimming trajectories via ImageJ. Trajectories of H. marismortui are intrinsically noisy, posing difficulties in motion analysis with previously established algorithms. By introducing the concept of "window vector," a Microsoft Excel-VBA-implemented microbial motion analysis algorithm reported here was able to (1) discriminate nonswimming objects from swimming cells without empirical customization by applying a power-law relationship and (2) reduce the noise caused by Brownian motion, thus enhancing the accuracy of swim reversal identification. Based on this motion analysis algorithm, two recently identified sensory rhodopsins, HmSRI and HmSRII, were shown to mediate photoattractant and photorepellent responses, respectively, revealing the phototactic activity of H. marismortui, the only archaeon showing such phenomenon other than Halobacterium salinarum.

Karyn's Genomes

Haloarcula marismortui размножается в насыщенных растворах солей (примерно в 10 раз выше солености морской воды) Haloarcula marismortui является галофильным микроорганизмом, который процветает в экстремальных условиях (при повышенной солёности (например: в Мёртвом море)). В 2000 году полный геномная последовательность Halobacterium СРН-1, другой археи, которая, как и marismortui Х., размножается в насыщенных растворах солей. При сравнении обоих геномов ученые смогут более полно понять молекулярные и генетические механизмы поведенческих различий между близкородственными видами, обитающими в экстремальных условиях. Оба Halobacterium СРН-1 и H. marismortui доминируют в очень соленой среде, при частых колебаниях различных экологических факторов, в том числе и тех, которые вызывают серьезные повреждения ДНК у других организмов. Эти микроорганизмы за миллионы лет эволюциинаучились эффективным способам взаимодействия в условиях постоянного стресса. Например, обе эти археи имеют большое количество отрицательно заряженных аминокислот на поверхности их белков. Это необычное свойство позволяет этим белкам выдерживать высокую соленость в цитоплазме (для уравновешивания с внешней соленостью), которая в противном случае вызывала бы разрушение и дисфункцию большинства белков. Исследование показало, что у обоих этих организмов был общий предок несколько миллионов лет назад, в процессе эволюции утративший почти половину своих генов. Возможно, это произошло для рационализации его жизненного цикла.


© Абдуллаев Эльдар