Pymol

1)
В режиме Sculpting видны радиусы всех атомов. В этом режиме есть возможность вручную
двигать атомы молекулы. Общая структура подстраивается под изменения расположения атомов.


2)
Для того, чтобы выбрать аа, при мутации которой теряется спосбность фермента связываться с лигандом,
я определил аа, которые учавствуют в связывании лиганда (образуют водородные связи с ним).
Это: ASP 52, ASN 59, ASP 101.
Для мутации я выбрал Asp 52, т.к. Asn 59 взаимодействует через N атом главной цепи (т.е. неспецифично).
Можно было бы взять и ASP 101, но выбор ASP 52, по-моему, лучше, т.к. неудобный радикал у 52-го остатка
может помешать взаимодействию близкого Asn 59.

До мутации:
 

После мутации:

3)
(мутантный остаток выделен красным)

4)
Присоединенная метка TAMRA

5)
100 остатков аланина в виде альфа-спирали

Итоговая картинка:

6)
Кубан: