После использования программы MEME я получил на выдаче 3 мотива:
1-ый мотив найден для 3-х из 5-и последовательностей не включая моего белка
Координаты по NO66_CULQU (не мой белок): 329 - 374; P-value= 1.95e-57;
Длина мотива= 46; E-value= 1.1e-034;
2-ой мотив найден для всех белков
Координаты по моему белку YXBC_BACSU: 204 - 228; P-value= 2.64e-23;
Длина мотива= 25; E-value= 4.0e-018;
3-ий мотив найден для 2-ух из 5-и последовательностей не включая мой белок
Координаты по NO66_CULQU (не мой белок): 260 - 309; P-value= 1.15e-60;
Длина мотива= 50; E-value= 7.9e-012;
Нумерация позиций выравнивания на картинке не совпадает с действительной,
т.к. я вставлял столбцы гэпов. Границы участков выделены красным(не включительно)
Мотивы на картинке расположены по порядку
В выравнивании Muscle мотивы 1 и 2 представляют собой консервативные участки, выравнивание Muscle
очевидно не совпадает с выравниванием MeMe, т.к. в Muscle встречаются гэпы.
Выравнивание мотива 3 имеет меньшую консервативность, т.к. в случае мотива рассматривались только
2 белка, а Muscle строит выравнивание 5 последовательностей.
1-ый мотив нашелся в 21 белке; 2-oй во всех 26; 3-ий в 2-ух;
Все мотивы нашлись в 2-ух белках
Нет, не везде соответствует, т.к. выравнивание в Muscle не выявило консервативного 1-го мотива
(в глобальном выравнивании "1-ые мотивы" можно встретить как-минимум от 110 до 166 позиции выравнивания(проверил не все белки),
также у этой облости малый % консервативности и определить визуально нахождение там доменов невозможно => мне кажется,
что Muscle не выявил в этой области какой-то консервативный участок)
Также в том месте, где должно было бы быть начало 2-го мотива в выравнивании вообще нет выравнивания, короче я
считаю, что выравнивания не совпадают
Выдача MAST
Сервис MeMe Suit оказался совершенно непонятным и неудобным в использовании, я так и не нашел лучшего способа для
работы в MeMe Suit, чем перейти по ссылке в MeMe