Выравнивания последовательностей

1)

Процент идентичности = 14/22 = 63,64%
Процент сходства = 15/22 = 68,18%
(Я решил, что значение 0 в таблице не является положительным числом)

2)

Координаты участка в моём белке: 11 - 30aa

3)

Мой белок(YXBC_BACSU) из Bacillus subtilis
Белок для сравнения(YCFD_ECOLI) из Escherichia coli

В итоге были представленны 3 различных выравнивания, приведенные ниже:

а)
Процент идентичности = 35/142 (25%)
Процент сходства = 54/142 (39%)
Кол-во гэпов = 21/142 (14%)

Сопоставленные участки:
Query 105 - 242аа
Sbjct 81 - 205аа

б)
Процент идентичности = 13/40 (33%)
Процент сходства = 19/40 (48%)
Кол-во гэпов = 5/40 (12%)

Сопоставленные участки:
Query 152- 189аа
Sbjct 257 - 293аа

в)
Процент идентичности = 5/13 (39%)
Процент сходства = 9/13 (70%)
Кол-во гэпов = 0/13 (0%)

Сопоставленные участки:
Query 185 - 197аа
Sbjct 9 - 21аа

Query - мой белок
Sbjct - белок для сравнения

4)(Дополнительное)

Я провел вручную только 1 выравнивание из 3-х возможных, т.к.
они приведены для пересекающихся участков белков => пришлось выбирать.
Файл GeneDoc