Программы пакета BLAST для работы с нуклеотидными последовательностями

1. Поиск в геноме участков, кодирующих белки, похожие на заданный

Таблица. Поиск гомологов белка YXBC_BACSU в геноме Paenibacillus polymyxa

2. Нахождение записи EMBL по последовательности программой BLASTN

1)Эта последовательность из записи D89987.
2)Координаты заданной последовательности в записи: 199 - 378. Моя последовательность соответствует самой записи (участку записи).
3)В поле FT указан участок, включающий мою последовательность, - последовательность с координатами 19 - 1182,
кодирующая белок (1-hydroxy-2-naphthoate dioxygenase). Направление кодирующей последовательности относительно записи прямое.

3. Поиск гомологов гена программой BLASTN

E-value лучшей и единственной находки: 2e-42
Название геномной последовательности: embl|CP002213|CP002213Paeni bacillus polymyxa SC2, complete genome
Координаты находки в последовательности: 276589 - 277155

С помощью BLASTN была найдена 1 находка, тогда как с помощью TBLASTN было найдено 10 находок с E-value меньше 0.001
Длина лучшей находки в BLASTN немного короче чем находка в TBLASTN (отсутствует примерно 150 начальных и 200 конечных нуклеотида)
E-value ниже у находки в BLASTN примерно на 60 порядков.