| Поиск по Swiss-Prot | Поиск по PDB | Поиск по "nr" | |
| 1. Лучшая находка | |||
| Accession | P46327.1 | 1VRB_A | NP_391867.1 |
| E-value | 0.0 | 0.0 | 0.0 |
| Вес (в битах) | 678 | 662 | 678 |
| Процент идентичности | 100% | 98% | 100% |
| 2. Сколько хороших кандидатов в гомологи найдено? (число находок в списке описаний с E-value < 1e-10) | Нет, кроме моего белка | Нет, кроме моего белка | 18 |
| 3. "Худшая из удовлетворительных" находка (последняя в выдаче с E-value < 1) | |||
| Номер находки в списке описаний | 39 | 9 | 100 |
| Accession | P44683.1 | 1NRF_A | YP_001750274.1 |
| E-value | 0.61 | 0.91 | 1e-06 |
| Вес (в битах) | 35.0 | 30.8 | 58.9 |
| % идентичности | 22% | 27% | 24% |
| % сходства | 37% | 46% | 39% |
| Длина выравнивания | 238 | 81 | 235 |
| Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) | 16 - 242 мой 15 - 217 в находке |
83 - 160 мой 156 - 236 в находке |
12 - 243 мой 9 - 216 в находке |
| Число гэпов | 46 | 3 | 30 |
1) Мне удалось найти свой белок во всех 3-х БД
2) Во-первых, т.к. nr собирает записи из нескольких БД => большее число записей.
Во-вторых по той же причине больше повторов(одни и те же белки с разными ID из разных БД)
3)В nr - 100 находок, E-Value последней= 1е-06 Кол-во находок лимитировано предельным размером выдачи
В SwissProt - 53 E-Value последней= 9.9 Кол-во находок лимитировано значением E-Value(Скорее всего E-Value=10)
В PDB - 21 E-Value последней= 9.9 Кол-во находок лимитировано значением E-Value(Скорее всего E-Value=10)
| Номер находки в списке описаний | 1 |
| Accession | XP_002424185.1 | Органзм | Pediculus humanus corporis(Вошь платяная) |
| E-value | 1e-11 |
| Вес (в битах) | 74.3 |
| % идентичности | 26% |
| % сходства | 43% |
| Длина выравнивания | 312 |
| Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) | 4 - 293 мой 19 - 301 в находке |
| Число гэпов | 51 |
а)
Локальное выравнивание
Длина выравнивания= 308аа
% идентичности= 26%
% сходства= 43.5%
Счет= 192.0
BLAST
Длина выравнивания=312аа
% идентичности= 26%
% сходства= 43%
Счет= 181
Выравнивания, в целом, почти идентичны, за исключением участка 164 - 179(по моему белку),
где 2 выравнивания различаются расположением гэпов.
б)
Глобальное выравнивание:
Длина выравнивания= 505аа
% идентичности= 16.8%
% сходства= 28.3%
Счет: 168.0
BLAST
Длина выравнивания=312аа
% идентичности= 26%
% сходства= 43%
Счет= 181
Эти выравнивания также отличаются участком 164 - 179(по моему белку),
если не считать наличие плохо выравниваемых участков в глобальном выравнивании.
В моем последнем запросе, в целом, расстоновка вверху списка почти не изменилась(только для очень близких E-Value), но сами значения E-Value
менялись на 1-2 порядка при взятии другой матрицы оценки или изменении штрафов за гэпы.
Я считаю, что не являются, т.к. во-первых не очень похожи последовательности(визуальная оценка), а во-вторых даже если прочитать
в рецензии о функциях сравниваемого белка, видно что у пары белков нет ничего общего.