Множественное выравнивание

1. Muscle и GeneDoc

Это изображение получено в GeneDoc при выравнивании в Muscle 17 белков "малых дельта-антигенов"
Все столбцы выравнивания я поделил на 4 группы по цветам:
- красные (100 % консервативности)
- рыжие (> 90 % консервативности)
- желтые (> 80 % консервативности)
- белые (менее 80%(я решил поменять на 80%, чтобы не загромождать рисунок))

Числа над столбцами обозначают номер позиции в выравнивании для каждого четного десятка(нечетные десятки обозначаются "*")

Числа в конце строк обозначают номер последнего в строке остатка.

Большие буквы под столбцами обозначают название той аминокислоты, которая стоит на этой позиции во всех выравниваниях.

Малые буквы под столбцами обозначают аминокислоту, которая встречается в столбце чаще примерно 85%(по моим подсчетам от 82% - 88%)

Числа под строками, вероятно, каким-то образом обозначают высокую консервативность позиции.

2. Выравнивание набора гомологов своего белка