Паттерны и профили

1) Создание паттернов аминокислотных последовательностей

Мой фрагмент ограничен синими столбцами не включая их
Координаты участка в выравнивании: 523 - 540
В моем белке: 214 - 231aa
Длина участка: 18aa

Паттерны

1 паттерн: T-M-L-Y-L-P-R-G-L-W-H-S-T-K-S-D-Q-A
Последовательность моего белка

2 паттерн: [TQD]-[MVL]-L-[YF]-[LVF]-P-R-[GH]-[LWTIC]-[WIV]-H-[SYQ]-[TVA]-[KEDSV]-[ST]-[DLPVE]-[QDAP]-[APGQ]
Во второй позиции именно L а не I, просто плохо видно на рисунке

3 паттерн: [MVLI]-L-[YFW]-[LVF]-P-R-[GH]-x-[WIV]-H-[SYQ]-[TVA]-x-[ST]
Координаты участка в выравнивании: 524 - 537
В моем белке: 215 - 228aa
Длина участка: 14aa

Таблица поиска белков содержащих данные паттерны

Я искал на сайте ProSite все белки содержащие 3 данных паттерна (предположительные гомологи).
В первом случае я нашел только свой белок, т.к. поставил слишком строгий паттерн (участок последовательности своего белка)
В третьем случае я нашел больше чем во втором, т.к. сделал паттерн слабее (уменьшил его длину и увеличил вариабильность)

2) Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке YXBC_BACSU