Самостоятельная работа

a.fasta - мой фрагмент

align2.fasta - файл с выравниваниями белков
Bacilus Subtilis с моим участком НК (поиск белков)

getorf.fasta - открытые рамки трансляции


1)

Фрагмент: 35001 - 42000 из AAGY02000003
Пользуюсь seqret, чтобы вырезать этот фрагмент из записи EMBL
Для получения полного протеома B. subtilis пользуюсь командой: "seqret sw:*_BACSU" 
Cоздал индексные файлы для BLAST (Командой: makeblastdb -in BACSU.fasta -dbtype prot -out aa)


2)

Воспользовался командой getorf, для поиска открытых рамок считывания во фрагменте ДНК:                                                
getorf -find 1 -minsize 240 -sequence a.fasta -outseq getorf.fasta -table 11                                                          
                                                                                                                                      
                                                                                                                                      
                                                                                                                                      
3)                                                                                                                                    
                                                                                                                                      
Поиск гомологов ORF в геноме B.Subtilis осуществлялся командой:                                                                       
blastp -query getorf.fasta -db aa -evalue 0.001 -outfmt 7 -out align2.fasta                                                           
Результаты, с кол-вом найденных последовательностей

4)

Полученная таблица:

ORF:                Позиция:          Направление:    Кол-во находок:    ID белка:      Е-value:

>AAGY02000003_6    6921 - 5644  	R	       	3               YISQ_BACSU       6e-27    
>AAGY02000003_7    5637 - 5020		R		1               PPAX_BACSU       9e-06
>AAGY02000003_9    3440 - 2994		R		3               YDGJ_BACSU       1e-12		   
>AAGY02000003_11   2535 - 1873		R		1               PCP_BACSU        3e-51
>AAGY02000003_12   855 - 1		R		1               TGT_BACSU        2e-125


5)
                                                                                                        

5'--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------3'     N

3'-[<= TGT, 1-855]-----[<= PCP, 1873-2535]--[<= YDGJ, 2994-3440]------------[<= PPAX, 5020-5637]----------[<= YISQ, 5644-6921]----5'     R



6)

Позиции генов в геноме:

YISQ_BACSU  (1162143 - 1160779)
PPAX_BACSU  (3592460 - 3591813)
YDGJ_BACSU  (613330 - 612839)
PCP_BACSU  (287420 - 286776)
TGT_BACSU  (2833872 - 2832730)

Расположение генов в геноме Bacilus Subtilis не консервативно (относительно друг-друга),
так как они расположены на гораздо больших расстояниях, чем рассмотренные гены (больше межгенные промежутки).