Примеры разных контактов в молекуле белка YXBC_Bacsu


Назад

Гидрофобный контакт


Водородные связи между боковыми группами

1). Связь, в которой и донором и акцептором водорода являются атомы кислорода


Скрипт

2).Связь, в которой и донором и акцептором водорода являются атомы азота


Скрипт

Комментарий:

Я считаю, что Глутамин является донором протона, т.к. рядом с атомом азота расположен
атом кислорода карбонильной группы=> Глутамин лучше отдаёт Н+ (кислород стягивает
на себя отрицательный заряд с атома азота при отщиплении протона=> структура стабилизируется)

Дисульфидные мостики в структуре инсулина


Комментарий:

  1. В моём белке нет дисульфидных мостиков
  2. Оба остатка озаглавленны как Cys7; это не ошибка, просто они находятся на разных цепях


Контакты белка с лигандами

Взаимодействие с ионом Fe3+


Комментарии к картинке:

Ион железа окружён атомами 3х элементов: C, N, O
Т.к. ион железа заряжен, а атомы С нет, я решил, что они почти не взаимодействуют с Fe(они просто оказались
компонентами взаимодействующих с Fe аминокислот.)
Я считаю, что с Fe могут взаимодействовать, как O, так и N атомы,
т.к. О атомы остатков карбоновых кислот присутствуют в виде О- =>
=> взаимодействуют электростатически с подожительно заряженым ионом железа, к тому же позволяет
малое расстояние для Asp147:B.OD2- всего 2.22А.
Также взаимодействуют N атомы His145:B.NE2 (расстояние: 2.58A) и His224:B.NE2 (расстояние: 2.77A)
N атомы образуют донорно акцепторную связь с ионом железа,
т.к. электронная пара азота может образовывать связь с положительно заряжеными ионами
(более того такие связи с Fe были показаны в проволочной модели).

Скрипт

Таблица взаимодействующих атомов:

Имя атома контакта Имя контактирующего атома белка Расстояние в Ангстремах Предположительная природа контакта
Fe Asp147:B.OD2 2.22A Электростатическое
взаимододействие
Fe His145:B.NE2 2.58A Донорно-акцепторная
связь
Fe His224:B.NE2 2.77A Донорно-акцепторная
связь

Взаимодействие с ионом селенометионина

Я не уверенв том, можно ли считать селенометионин полноценным лигандом, т.к.
он входит в состав полипептидной цепи(например: Mse174:B, связан с Pro173:B и Gln175:B пептидной связью)
Также селенометионин, просто, является модифицированным метионином(S атом заменён на Se атом)=>
=> Селенометионин- просто аминокислота=> В первую очередь "лиганд" в белке "удерживают" пептидные связи.



Скрипт
©Abdullaev Eldar