Геномные браузеры
UCSC
Для выполнения задания был выбран белок связывания иммуноглобулинов. Он принадлежит к семейству белков теплового шока и, находясь в просветах эндоплазматического ретикулума, участвует в фолдинге и сборке белков. Так как он взаимодействует со многими протеинами ЭПР, он может играть ключевую роль в регуляции внутриклеточной сортировки белков.
| Полное имя | Homo sapiens heat shock protein family A member 5 |
|---|---|
| Короткое имя | HSPA5 |
| Цепь | Обратная |
| Хромосома | 9 |
| Плечо и полоса | q33.3 |
| Координаты транскрипта | 125,234,853-125,241,343 |
| Координаты кодирующей последовательности | 125,236,592-125,241,126 |
| Число продуктов | 1 |
| Число экзонов | 8 |
| Длина аминокислотной последовательности | 654aa |
Ensembl
Для получения выравнивания использовался тот же белок, что и в предыдущем задании. Длина выровненной последовательности - 6491bp (6490bp для шимпанзе). С помощью команды infoalign ‑only ‑diffcount alignment.fa out.txt можно получить количество различий между последовательностями - 54. Тогда процент различий на 100 нуклеотидов равен 54*100/6490=0.83. Если верить некоторым статьям, при полногеномных исследованиях процент различий равен 4%. Это почти в пять раз выше, чем найденное для BiP значение, что может быть связано с его высокой консервативностью.