Сборка de novo
Размер первоначального файла составляет 1.8G, после обрезания адаптеров - 1.8G, после очистки чтений - 1.1G. Выводы двух последовательных команд Trimmomatic:
Input Reads: 17756177 Surviving: 17750460 (99,97%) Dropped: 5717 (0,03%)
Input Reads: 17750460 Surviving: 10433951 (58,78%) Dropped: 7316509 (41,22%)
По результатам velvetg N50=8937.
| номер | длина | покрытие |
|---|---|---|
| самые длинные | ||
| 45 | 28933 | 29.2725 |
| 16 | 25783 | 32.6754 |
| 3 | 20421 | 37.4519 |
| аномальные | ||
| 386 | 31 | 242,5161 |
| 568 | 64 | 3,1094 |
Выравнивание единственное и попадает на участок хромосомы (144,368..166,752).
Выравнивание также единственное и попадает на участок хромосомы (2,004..25,004).
Выравнивание снова единственное и попадает на участок хромосомы (536,550..555,905).