3DNA
Построение моделей ДНК
Сравнение структур ДНК
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | правая | правая | левая |
| Шаг спирали (Å) | 28,03 | 33,75 | 43,5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 7,98 28:B.P-7:A.P | 17,21 30:B.P-8:A.P | 7,19 31:B.P-13:A.P |
| Ширина малой бороздки | 16,81 33:B.P-10:A.P | 11,69 32:B.P-13:A.P | 18,3 32:B.P-6:A.P |
Рассмотрим двенадцатый остаток (цитозин) из А-формы ДНК. В сторону большой бороздки у него обращены атомы C4, C5, C6, N4, в сторону малой - N1, C2, O2, N3.
Анализ структуры тРНК
Торсионные углы заданной тРНК представлены в таблице ниже (была рассмотрена только одна из цепей).
| alpha | beta | gamma | delta | epsilon | zeta | chi |
|---|---|---|---|---|---|---|
| --- | --- | 169.80 | 88.20 | -134.00 | -73.00 | -178.70 |
| -62.8 | 172.1 | 52.60 | 79.50 | -157.10 | -70.40 | -165.90 |
| -50.4 | 168.9 | 53.00 | 79.30 | -157.00 | -62.70 | -167.60 |
| 153.9 | -176.4 | -178.40 | 81.10 | -138.20 | -75.00 | -172.40 |
| -59.6 | 169.2 | 54.50 | 79.70 | 177.20 | -64.00 | -161.00 |
| -161.4 | -151.1 | 154.80 | 110.30 | -74.80 | -68.60 | -158.50 |
| 34.1 | -167.6 | 48.60 | 86.20 | -145.90 | -74.90 | -169.10 |
| -60.1 | 176.0 | 52.60 | 82.10 | -153.00 | -71.90 | -162.10 |
| -62.0 | 174.0 | 46.00 | 80.00 | -163.20 | -85.80 | -156.60 |
| 151.7 | -155.0 | 173.10 | 81.80 | -135.20 | -71.00 | -174.50 |
| -48.2 | 170.4 | 49.30 | 81.00 | -160.10 | -63.80 | -167.50 |
| -77.6 | -163.7 | 49.10 | 84.00 | -161.20 | -54.20 | -151.70 |
| -78.5 | -170.3 | 52.60 | 86.90 | -142.00 | -71.80 | -149.70 |
| -118.8 | -167.7 | 57.70 | 83.60 | -148.40 | -56.00 | -174.30 |
| -61.5 | 169.2 | 58.80 | 80.70 | -137.20 | -62.10 | -175.00 |
| -62.6 | 176.5 | 48.20 | 81.80 | -155.70 | -61.90 | -158.70 |
| -50.5 | 171.6 | 47.40 | 86.00 | -147.90 | -113.10 | -160.90 |
| 150.4 | -144.7 | 163.90 | 84.10 | -130.80 | -73.60 | -171.70 |
| -54.7 | 163.5 | 48.80 | 75.40 | -150.60 | -73.90 | -171.50 |
| -54.4 | 174.6 | 48.80 | 76.70 | -144.10 | -80.10 | -161.60 |
| -51.4 | 159.6 | 52.10 | 82.90 | -100.60 | -124.80 | -150.70 |
| -133.3 | 138.2 | 33.50 | 84.10 | -151.70 | -67.20 | 179.90 |
| -77.1 | -166.1 | 50.70 | 81.80 | -159.70 | -71.70 | -160.50 |
| 149.0 | -167.4 | 179.30 | 84.70 | -128.80 | -64.70 | -171.10 |
| -48.0 | 165.0 | 53.00 | 79.20 | -179.90 | -77.20 | -156.00 |
| 168.1 | 177.5 | 174.50 | 90.60 | -114.90 | -63.80 | -176.90 |
| -48.7 | 156.5 | 55.30 | 86.90 | 161.00 | 23.80 | -138.60 |
| 3.3 | 124.4 | 50.80 | 97.20 | -177.40 | -157.40 | -113.20 |
В выходном файле есть отметки, что некоторые углы схожи с таковыми для А-формы ДНК. Далее последует занимательная, но немного бесполезная статистика. Для дополнительного сравнения сначала были посчитаны средние значения для всех углов:
| A-DNA | B-DNA | Z-DNA | tRNA | |
|---|---|---|---|---|
| alpha | -51.70 | -29.90 | -43.78 | -22.63 |
| beta | 174.80 | 136.34 | 21.12 | 43.60 |
| gamma | 41.70 | 31.14 | -61.47 | 64.10 |
| delta | 79.08 | 143.34 | 116.25 | 83.99 |
| epsilon | -147.79 | -140.80 | -100.05 | -121.38 |
| zeta | -75.09 | -160.50 | 8.58 | -72.51 |
| chi | -157.20 | -97.99 | -47.80 | -148.79 |
