tRNA and DNA-protein interactions
| Участок структуры | Позиции в структуре (find_pair) | Предсказание с помощью einverted | Предсказание алгоритмом Зукера |
|---|---|---|---|
| Акцепторный стебель | 6 | 1 + 5/6 | левая |
| D-стебель | 3 | 0/3 | 3/3 |
| T-стебель | 5 | 0/5 | 5/5 |
| Антикодоновый стебель | 5 | 4/5 | 5/5 |
| Общее количество канонических пар нуклеотидов | 19 | 1 + 9/19 | 1 + 19/19 |
Оба использованныx метода находят взаимодействие, включающее первый нуклеотид, которое отсутствует в выводе команды find_pair. Причины этого феномена не ясны.
Комплекс ДНК-белок
P.S. На сайте скрипт работает некорректно.
Поиск контактов
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
|---|---|---|---|
| остатками 2'-дезоксирибозы | 3 | 11 | 14 |
| остатками фосфорной кислоты | 18 | 8 | 26 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 4 | 6 | 10 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 0 | 0 |
Как не удивительно, количество полярных и неполярных контактов оказалось одинаковым (25). При этом большинство приходится на остатки фосфорной кислоты, что логично, так как они расположены снаружи двойной спирали. В то же время нашлось достаточно много (целых десять!) контактов, задействующих остатки азотистых оснований. По неясным причинам отсутствуют связи со стороны малой бороздки.
Схема контактов
Анализ контактов
Наибольшее количество контактов с ДНК наблюдается у остатка аргинина 1161. Он имеет связи как минимум с двумя остатками фосфорной кислоты и одним азотистым основанием (гуанином), причем расположен достаточно близко к следующему - тимину (расстояние между ними составляет 3,65Å), чтобы предположить, что они тоже взаимодействуют. Из-за своего уникального положения и большого количества контактов этот остаток теоретически может играть роль в узнавании ДНК.
