Геномы
Сборка генома серой вороны
Corvus cornix - вид птиц из рода воронов. Всеядные и вездесущие (ареал - почти вся евразия), могут наносить ущерб экосистемам. Известны своей сообразительностью: могут активно использовать окружающие предметы для получения и преобразования пищи, запоминают места спрятанной добычи, различают людей по их намерениям (боятся охотников, но не обычных прохожих). Собираются в стаи, чтобы атаковать, могут нанести вред даже взрослому и запоминают врагов.
| Количество сборок | 2 |
|---|---|
| Название лучшей сборки | ASM202325v2 |
| AC (GenBank) | GCA_002023255.2 |
| Уровень сборки | Scaffold |
| Длина последовательности | 1,050,110,261 |
| Число скэффолдов | 145 |
| Scaffold N50 | 18,368,925 |
| Scaffold L50 | 18 |
| Число контигов | 2,410 |
| Contig N50 | 8,911,460 |
| Contig L50 | 33 |
| Число аннотированных белков | 0 (у более ранней сборки - 29601) |
| Публикация с описанием проекта | лежит вот здесь |
Последовательно перейдя по строчкам WGS Project: и WGS, можно попасть на страницу с контигами, которые на самом деле скэффолды?.. Ну ничего не поделаешь, держите сорок второй .
Поиск вирусов
Поиск по NCBI Nucleotide был проведен с помощью запроса ((Pleolipoviridae) AND 8000:9000[Sequence Length]) AND complete. Всего нашлось восемь сборок, по четыре из GenBank и RefSeq.
| AC | KF056323 |
|---|---|
| Название организма | Haloarcula hispanica pleomorphic virus 2 |
| TaxID вида | 1442594 |
| Тип генома | DNA circular |
| Хозяин вируса | Архея из рода Haloarcula |
С помощью действий Send to:, Coding Sequences и FASTA Nucleotide можно получить файл с участками, предположительно кодирующими белки.
Ключи из таблицы особенностей
| Ключ | Описание | Пример использования |
|---|---|---|
| C_region | Постоянная область легких и тяжелых цепей иммуноглобулина, а также альфа-, бета- и гамма-цепей рецептора Т-клеток |
C_region 15233..15312
/note="A+T rich region; control region"
|
| misc_feature | Регион, который представляет биологический интерес, но не может быть описан другими ключами (новая или редкая особенность) |
misc_feature complement(116..>204)
/locus_tag="GDB70_RS27695"
/inference="COORDINATES: nucleotide
motif:Rfam:12.0:RF01497"
/inference="COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.1"
/note="AL1L pseudoknot; Derived by automated computational
analysis using gene prediction method: cmsearch."
/pseudo
/db_xref="RFAM:RF01497"
|
| mobile_element | Регион, содержащий мобильные элементы |
mobile_element 23436..25130
/inference="COORDINATES: nucleotide
motif:RepeatMasker:4.0.6"
/note="ERV-9 erythroid enhancer upstream of 5'HS5"
/rpt_family="LTR/ERV1"
/rpt_type=long_terminal_repeat
/mobile_element_type="retrotransposon:LTR12C"
/db_xref="GeneID:109580095"
|
| oriT | Область ДНК, где инициируется перенос в процессе конъюгации или мобилизации |
oriT 21090..21235
/note="origin of transference"
|
| polyA_site | Сайт в транскрипте РНК, к которому добавляются остатки аденина в ходе посттранскрипционного полиаденилирования |
polyA_site 825
/gene="SELENOW"
/gene_synonym="SelW; SEPW1"
|
| regulatory | Любой регион, участвующий в регуляции транскрипции, трансляции, репликации или сворачивании хроматина |
regulatory complement(978..1126)
/regulatory_class="riboswitch"
/inference="COORDINATES: nucleotide
motif:Rfam:12.0:RF00050"
/inference="COORDINATES: profile:INFERNAL:1.1.1"
/note="FMN riboswitch; Derived by automated computational
analysis using gene prediction method: cmsearch."
/bound_moiety="flavin mononucleotide"
/db_xref="RFAM:RF00050"
|
| STS | Короткий участок, который встречается в геноме единожды и может быть использован для ориентирования, так как распознается на ПЦР |
STS 1120..1292
/gene="CHTOP"
/gene_synonym="C10orf77; C1orf77; FL-SRAG; FOP; pp7704;
SRAG; SRAG-3; SRAG-5"
/standard_name="SHGC-2950"
/db_xref="UniSTS:92087"
|