EMBOSS

Собственно, скрипт. Создает сто случайных последовательностей, бластит их по заданному геному, считает количество находок с E-value меньше 0.1 и даже подчищает за собой все созданные вспомогательные файлы. Выдает одно число... не очень информативно, правда?

Чтобы добавить немного статистики, был написан еще один скрипт, который принимает на вход уже пять аргументов (длина последовательности, их число в одной попытке, количество попыток, ограничивающее E-value и геном, по которому производится поиск). Результатом являются среднее, медиана и мода количества находок среди всех попыток. Только не задавайте слишком много попыток, иначе оно умрет :(