Gene Ontology

Использовался файл list28.txt с двадцатью пятью ID.

Enrichment Analysis

Из 25 идентификаторов находятся 24, причем два из них - дважды. Еще один, видимо, различается между разными базами данных и не попал в анализ. Всего в выдаче 97 находок. Список десяти самых значимых:

• liposaccharide metabolic process
• glycolipid metabolic process
• glycosphingolipid metabolic process
• membrane lipid metabolic process
• sphingolipid metabolic process
• ganglioside metabolic process
• carbohydrate metabolic process
• sialylation
• ceramide metabolic process
• oligosaccharide metabolic process

Все ребра построенного графа - отношения принадлежности. Идентификаторы обозначают белков-участников метаболизма липидов.

String

Выглядит очень красочно. Для всех белков указаны структуры, среди ребер есть все возможные взаимодействия.

Среди позвоночных все белки очень консервативны. В частности, с ближайшим родственником (гориллой) у человека всего лишь четыре неодинаковых белка из двадцати пяти. Пять белков более-менее консервативны у опистоконт, четыре из низ присутствуют почти у всех групп, указывая на то, что они были еще у LUCA. ST3GAL2 возможно был передан эукариотам от архей, еще шесть белков - от бактерий. Остальные самостоятельно возникли уже внутри домена.

Коэкспрессия очень слабая, что у человека, что у всех остальных - хотя там, разумеется, больше разброс возможных пар. Единственное более-менее значимое исключение - GLB1 и HEXB.

Самое время прерваться на любование толстым енотом, который выглядит прямо как спящая утром после бессонной ночи я на карантине:

Human Protein Atlas

Для изучения был выбран ген HEXA, кодирующий субъединицу альфа гексоаминидазы, которая участвует в деградации ганглиозидов и является прогностическим маркером карценомы эндометрия.

Низкая специфичность. Вообще. И в тканях, и в мозге, и в крови, и внутри клеток.

Очень сильно зависит от ткани! Есть те, где почти одинаково, а есть те, где равновесие смещено в одну из сторон. Интересно, что в коже, глазах и крови экспрессируется РНК, но нет белка.

Тоже никакой специфичности. Немного повышен уровень в придатках яичков и легких, но все остальные ткани довольно равномерно распределены.