Метаболические пути. KEGG.

  1. Поиск сведений о субстрате и продукте в KEGG.

    2. База данных химических соединений (KEGG LIGAND).

    Пункт Субстрат Продукт
    Название Изоцитрат
    Isocitrate; Isocitric acid; 1-Hydroxytricarballylic acid; 1-Hydroxypropane-1,2,3-tricarboxylic acid    		 Фумарат
    Fumarate; Fumaric acid; trans-Butenedioic acid
    Идентификатор С00311 C00122
    Cтруктурная формула

  2. Поиск метаболического пути.

    3. Страница раскрашивания объектов на метаболических картах (Color objects in pathways).

    В отчет нужно внести следующее:

  3. Описание последовательности реакций.



    4. Таблица 1. Возможных путь превращения Изоцитрата в Фумарат по данным метаболической карты Цитратного цикла.

    Этап Ферментативная реакция EC number R number
      1  isocitrate hydro-lyase (cis-aconitate-forming); Isocitrate <=> cis-Aconitate + H2O  
    EC:4.2.1.3    		  R01900
      2  cis-Aconitate + H2O <=> Citrate  EC:4.2.1.3   R01325
      3  Citrate oxaloacetate-lyase ((pro-3S)-CH2COO- -->acetate); Citrate <=> Acetate + Oxaloacetate
    или
    acetyl-CoA:oxaloacetate C-acetyltransferase [(pro-S)-carboxymethyl-forming, ADP-phosphorylating]; ATP + Citrate + CoA <=> ADP + Orthophosphate + Acetyl-CoA + Oxaloacetate     		 EC:4.1.3.6
    или
    EC:2.3.3.8    		 R00362
    или
    R00352
      4  cis-Aconitate + H2O <=> Citrate  EC:4.2.1.3   R01325
      5  (S)-malate:NAD+ oxidoreductase; (S)-Malate + NAD+ <=> Oxaloacetate + NADH + H+  EC:1.1.1.37  R00342
      6  (S)-malate hydro-lyase (fumarate-forming); (S)-Malate <=> Fumarate + H2O  EC:4.2.1.2  R01082


  4. Исследование метаболического пути в других организмах



    5. Таблица 2. Возможность пути превращения изоцитрата в фумарат в различных организмах с известными полными геномами.

    Организм Возможна ли цепочка реакций
    (да/нет/неизвестно)    		 Обоснование
    Escherichia coli Да присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций, кроме EC: 2.3.3.8 (этап 3, вариант 2)
    Haemophilus influenzae Rd KW20 неизвестно  
    Methanococcus janaschii нет из 6 необходимых ферментов найдены гены только для двух
    Arabidopsis thaliana неизвестно  
    Homo sapiens да присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций, кроме EC: 4.1.3.6 (этап 3, вариант 1)

    Таким образом, сходные процессы происходят в 2 организмах из предложенных 5, однако при участии разных ферментов.


Главная страница

Первый семестр

Второй семестр

Третий семестр

Четвертый семестр

©Александра Литвинчук,2009