Практикум 2. Химическое строение нуклеиновых кислот
Упражнение 1
На рисунке представлены 2′-дезоксигуанозиндифосфат, 2′-дезокситимидинмонофосфат, уридин и псевдоуридин.
Нумерация атомов. Атомы азотистых оснований пронумерованы с помощью инструмента Map. Атомы углерода пентозы обозначены числами 1′, 2′, 3′, 4′ и 5′.
2′-дезоксигуанозиндифосфат. Красным выделена N-гликозидная связь между атомом C1′ дезоксирибозы и атомом N9 гуанина.
2′-дезокситимидинмонофосфат. Красным выделена N-гликозидная связь между атомом C1′ дезоксирибозы и атомом N1 тимина.
Уридин. Красным выделена N-гликозидная связь между атомом C1′ рибозы и атомом N1 урацила.
Псевдоуридин. В отличие от обычных нуклеозидов, основание соединено с рибозой C-гликозидной связью. Синим выделена связь между атомом C1′ рибозы и атомом C5 основания.
Упражнение 2
Сахарофосфатный остов. Остов обеих цепей ДНК выделен жёлтым цветом. Он образован чередующимися остатками дезоксирибозы и фосфатными группами.
Азотистые основания. Основания подписаны буквами A, T, G и C: аденин, тимин, гуанин и цитозин.
Комплементарные пары. Аденин образует пару с тимином, а гуанин — с цитозином.
Водородные связи. Водородные связи между комплементарными основаниями показаны пунктирными линиями. В паре A–T образуются две водородные связи, а в паре G–C — три.
Направление цепей. У обеих цепей обозначены 5′- и 3′-концы. Стрелками показано, что две цепи ДНК являются антипараллельными.