Последовательность белка:
>BAU39574.1 hypothetical protein MKTKCVPDVWKNKKPDLSEKRKSFLKTGALLLAGSLFLGVANISGQAYALAPSAQAPQAYTPTPAD VAMVSDLEQRTFQWFWDSADPATGLIPDRYPSDQKQDSVASVGFGLTAYGIGVKRHYITRQQAVER TLTTLRYMWKLPQNESADKASGYHGFFYHFLDNRTGLRLNPDIELSSIDTALLMQGVLFCRNFYTQ DTAQEKEIRQLSDQLFNRVDWKWMERPDHRLSMGWSPEHGFLPNYWEGYSEGMMLYILALGTPEHG LQPVSWQAWLATNDKRWGEEYGQTFLNFAPLFGHQYSHAWIDFRGIQDNWISSKGIDYFENSRRAV YAQRNYAVSNPGKWQGYDANTWGLTASDGPGDVTKTENGQTRHFLSYSARGVGRDYTQDDGTIAPT AAGGSVAFAPEIAIPALRTMKSKYGNHIYGKYGFADSFNPSFHDEKQDYWADNTYLGIDQGPILLM VENWRSGFVWDTMRQSAVIRRGLLQAGFHGGWLQQVAQQPSSVVRRKG
Таблица 1. Описание белка с неизвестной функцией из генома бактерии Acetobacter pasteurianus NBRC 101655
Идентификатор белка | BAU39574.1 |
---|---|
Идентификатор генома | AP014881.1 |
Название белка (на англ. языке) | hypothetical protein (putative glucoamylase) |
Координаты гена в геноме | 2711856..2713388 |
Длина гена (в парах нуклеотидов) | 1533 п.н. |
Цепь (прямая или обратная) | обратная |
Длина белка (в аминокислотных остатках) | 510 а.о. |
Рисунок 1. Геномное окружение гена белка с неизвестной функцией (предположительно глюкоамилазы) (идентификатор белка - BAU39574.1) Изображение получено с помощью геномного браузера NCBI.
Красными полосками изображены гены, направление стрелок на них указывает на то, с какой цепи считывался белок (в моем случае стрелки направлены влево, а значит выданный мне белок закодирован с обратной цепи). Выше находятся открытые рамки считывания(серые полоски).Те, что изображены в строке "+1",кодируют белок, начиная с первого нуклеотида после старт-кодона, в строке "+2" - со второго, в строке "+3" - с третьего. Рамки считывания обратной цепи находятся в строках "-1","-2","-3". Моему белку соответствует рамка считывания в строке "-2". Красными черточками изображены стоп-кодоны, зелеными - старт-кодоны.