Визуализация кристаллической структуры метионин аминопептидазы-2 (PDB ID: 5LYW)

Скрипт находится здесь

Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
#	Имена атомов	Длина связи (Å)	Угол N-O-C (°)
Альфа-спирали
1	N(406ILE)-O(402LEU)	2.89	159.0
2	N(400LYS)-O(396LEU)	2.78	166.6
3	N(201GLU)-O(197CYS)	2.88	155.3
Бета-тяжи
1	N(365THR)-O(458PHE)	3.14	170.4
2	N(444TYR)-O(382HIS)	2.88	140.7
3	N(256ILE)-O(259ARG)	2.32	135.4

Средняя длина водородной связи в данных случайно выбранных альфа-структурах равна 2.85 Å, а среднее значение N-O-C угла - 160.3°; в бета-тяжах данны параметры принимают значения 2.78 Å и 148.8° соответственно. Идеальная длина водородной связи, в которой атом азота - донор, а атом кислорода - акцептор равна 3.04 Å; идеальный угол приближен к 180° (+-35-40°). Небольшое отклонение длины водородной связи от идеальной можно объяснить особенностями структуры и строения данного белка.

Литература: "Биохимия" Л.Страйер