Подготовка к коллоквиуму

1. Отличия между выравниваниями

Были взяты 4 белка - ZAPA_HAEDU, ZAPA_SALTY, ZAPA_GEOTN, ZAPA_ECOLI - и выровнены программой muscle. Из этого множественного выравнивания было обособлено выравнивание ZAPA_HAEDU и ZAPA_GEOTN, и затем эти белки были выровнены по программам water и needle. Выравнивание этих трех выравниваний лежит здесь. Первая группа - выравнивание с помощью muscle, вторая - needle, третья - water. Ниже приведена таблица c отличиями этих выравниваний:

Muscle	F - 11 Y - 14	V - 38 M - 40	C - 19 V - 21
Needle	F - 11 Y - 14	V - 38 M - 40	C - 19 S - 25
Water	F - 6 Y - 6	V - 33 M - 32	C - 14 S - 17

Первое выравнивание сильно отличается от второго и третьего; второе и третье схожи между собой, так как это глобальное и локальное соответственно выравнивания двух белков(они отличаются отсутствием нескольких аминокислот с обоих концов последовательностей в локальном выравнивании). Первое же выравнивание состоит из последовательностей двух белков, взятых из множественного выравнивания предположительно родственных белков, и поэтому в нем последовательности выравнены так, что учитывается истинная гомологичность аминокислот (отсюда и гэпы, которых нет во втором и третьем выравниваниях). Поэтому мне кажется первое выравнивание наиболее соответствующим эволюции белков ZAPA_HAEDU и ZAPA_GEOTN, т е наиболее правдоподобным.

2*. Матрица "весов дружелюбности" на основе статистических данных о соседях в зрительном зале

Всего в зале N 80 мест, 68 из них заняли женщины, 12 - мужчины. Вероятность q_ж обнаружить на каком-либо месте женщину равна 0,85, вероятность q_м обнаружить мужчину - 0,15.

Вероятности обнаружить следующие пары сидящих рядом людей при случайной рассадке людей (ожидаемые частоты):

♦ ММ : q_м*q_м=0,0225

♦ МЖ : q_м*q_ж=0,1275

♦ ЖМ : q_ж*q_м=0,1275

♦ ЖЖ : q_ж*q_ж=0,7225

Количество пар в зале N: ММ - 4, МЖ - 6, ЖМ - 7, ЖЖ - 53. Общее количество пар - 70. Наблюдаемые частоты следующих пар:

♦ ММ : q_мм=4/70=0,0572

♦ МЖ : q_мж=6/70=0,0857

♦ ЖМ : q_жм=7/70=0,1

♦ ЖЖ : q_жж=53/70=0,7571

Усредним частоты q_мж и q_жм (т е теперь q_мж/жм=0,1+0,0857=0,1857).

Склонность людей пола x сидеть с людьми пола y выражается через отношение правдоподобия: q_xy/q_x*q_y. "Вес дружелюбности" можно найти с помощью выражения Λlog²(q_xy/q_x*q_y), где Λ возьмем равным 10.

	М	Ж	Сумма
М	14	-5	9
Ж	-5	1	-4
Сумма	9	-4

Судя по матрице, мужчины склонны в зале сидеть друг с другом нежели с женщинами (т е сидеть группами). Женщины так же сидят чаще друг с другом, но это выражено менее ярко по сравнению с мужчинами. Сумма "дружелюбности" мужчин (9) больше суммы дружелюбности женщин (-4), что говорит о том, что мужчины более избирательно подходят к вопросу о выборе соседа, чем женщины.