Рекомендуемое название: (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activating ATPase
PDB ID: 1HUX
RefSec: WP_012939153.1
Длина (в аминокислотных остатках): 260
Молекулярная масса: 27269 Да
Каталитическая активность:
.png)
Для разрушения глутамата A. fermentans должен отщепить молекулы воды от (R)-2-гидроксиглютарил-Ко. Этот анаэробный процесс катализируется 2-гидроксиглютарил-КоА дегидратазой, ферментом состоящим из двух компонентов (A и D), которые обратимо объединяются в ходе циклов реакций. Компонент А представляет собой гомодимер (то есть он состоит из 2 одинаковых цепей), в состав которого входит железо-серный кластер ([4Fe-4S]-кластер), связывающий цепи белка (служит своеобразным мостиком между ними), и который за счет гидролиза АТФ доставляет электрон компоненту D, а он, в свою очередь, использует его в дегидратации. Стоит также отметить, что компонент А имеет схожую структуру с актиновыми белками, и не вся его структура описана на Uniprot: в поле SQ было указано 260 а. о., в тот время как в БД PDB говорилось о 270 а. о..
| Идентификатор кластера | Кол-во белков |
| UniRef100_P11568 | 3 |
| UniRef90_P11568 | 6 |
| UniRef50_P11568 | 110 |
Процесс, осуществляемый белками из вышеописанных кластеров, анаэробный, поэтому тот факт, что все организмы, содеожащие эти ферменты, являются анаэробоми, вполне закономерен.
| Текст запроса | Кол-во найденных белков | Reviewed (Swiss-Prot) | Комментарий |
| name:"r 2 hydroxyglutaryl coa dehydratase activating atpase" | 1 | 1 | Как видно, данный белок очень спецефичен и встречается даже в пределах отела только у одного штамма - Acidaminococcus fermentans (strain ATCC 25085 / DSM 20731 / VR4) |
| name:"r 2 hydroxyglutaryl coa dehydratase activating atpase" organism:"acidaminococcus fermentans strain atcc 25085 dsm 20731 vr4" | 1 | 1 | |
| name:"2 hydroxyglutaryl coa dehydratase activating atpase" taxonomy:"Acidaminococcaceae [909930]" | 1 | 1 | |
| name:"2 hydroxyglutaryl coa dehydratase activating atpase" taxonomy:"Firmicutes [1239]" | 1 | 1 | |
| name:albumin | 886 | 77 | Альбумин - белок, в основном содержащийся в плазме крови и питательных веществах, где играет запасательную роль (например, в яичном белке). Этим можно объяснить относительно большой процент содержания альбуминов среди позвоночных (около 40% от общего числа альбуминов среди всех организмов) и зеленых растений (около 55.5%). Среди членистоногих только один организм, представитель ракообразных, имеет альбумин (хотя даже это не совсем верно, речь идет об "albumin-like protein"). Среди белков было найдено только 2 альбумина, которые к тому же встечаются у одного и того же организма. Поиск по инфузориям и бурым водорослям ничего не дал. Вероятно, представители этих таксономических групп лишены альбумина ввиду относительной примитивности и отсутствия необходимости в таком высокоэнергетическом запасательном соединении. |
| name:albumin taxonomy:"Viridiplantae [33090]" | 492 | 33 | |
| name:albumin taxonomy:"Vertebrata [7742]" | 354 | 43 | |
| name:albumin taxonomy:"Fungi [4751]" | 2 | 0 | |
| name:albumin taxonomy:"Arthropoda [6656]" | 1 | 0 | |
| name:albumin taxonomy:"Phaeophyceae [2870]" | 0 | 0 | |
| name:albumin taxonomy:"Ciliophora [5878]" | 0 | 0 | |
| name:trypsin | 18,951 | 311 | Объяснение смысла текста в строке поиска: 1)trypsin, так как в названии белков должно встречаться слово "трипсин"; 2)name:inhibitor - потому что белки, которые нам нужны, являются ингибиторами; 3)NOT name:trypsin - и не являются трипсинами. |
| trypsin name:inhibitor NOT name:trypsin | 427 | 351 |
Литература:
© Агаева Зара, 2018