Выравнивание последовательностей белка

1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
cell division protein ZapA	ZAPA_ECOLI	ZAPA_BACSU	41.5	13.2%	29.8%	48	5
2-oxoglutarate dehydrogenase E1	ODO1_ECOLI	ODO1_BACSU	1722.5	39.7%	57.8%	89	25
cysteine synthase A*	CYSK_ECOLI	CYSK_BACSU	766.0	51.5%	66.6%	33	11

*название для CYSK_BACSU - cysteine synthase

2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
cell division protein ZapA	ZAPA_ECOLI	ZAPA_BACSU	50.0	16.5%	48.1%	9	3	70.6%	84.7%
2-oxoglutarate dehydrogenase E1	ODO1_ECOLI	ODO1_BACSU	1724.5	39.9%	58.0%	87	23	99.6%	99.4%
cysteine synthase A*	CYSK_ECOLI	CYSK_BACSU	775.5	54.0%	69.3%	21	8	94.4%	97.4%

*название для CYSK_BACSU - cysteine synthase

3. Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам

	Protein Name 1	Protein Name 2	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Global alignment	Sensor histidine kinase YpdA	Riboflavin synthase	YPDA_ECOLI	RISA_BACSU	29.5	7.9%	13.1%	430	14	-	-
Local alignment	Sensor histidine kinase YpdA	Riboflavin synthase	YPDA_ECOLI	RISA_BACSU	40.0	21.2%	35.5%	60	10	31.3%	78.6%

Как и следовало бы ожидать, у случайных белков с разными функциями (один - киназа, другой - синтетаза) и принадлежащие разным организмам вес выравниваний не большой. Естественно, эти последовательности этих белков негомологичны.

4. Сохранение выравнивания в fasta-формате и импорт в Jalview

Глобальное выравнивание белков CYSK_ECOLI (cysteine synthase A) и CYSK_BACSU (cysteine synthase) в виде проекта Jalview

5. Множественное выравнивание белков

Поиск в Swiss-Prot выдал 87 белков с мнемоникой ODO1, среди которых были выбраны мною ODO1_RICFE, ODO1_LEPIN, ODO1_COXBU, ODO1_HAEIN, ODO1_BACVZ. Здесь лежит множественное выравнивание перечисленных белков с ODO1_ECOLI и ODO1_BACSU в виде проекта Jalview.

В целом белки выровнялись неплохо. Наименее удачно выравнялся белок ODO1_RICFE: в участках примерно от 60 до 93 аминокислот и от 117 до примерно 135 у всех остальных аминокислотах стоят индели, в то время как у этого белка стоит непрерывная последовательность. Общему выравниванию мешает также белок ODO1_LEPIN. Если выкинуть ODO1_LEPIN, ODO1_RICFE, то выравнвание выйдет гораздо чище (новое вравнивание; с этого момента рассматриваю новое выравнивание).Лучше всех выравнялись белки ODO1_BACVZ и ODO1_BACSU, их последовательности очень схожи; это объясняется принадлежностью организмов, содержащих эти белки, к одному и тому же роду Bacillus. Судя по наличию относительно крупных консервативных блоков (они в основном находятся во второй половине выравнивания), можно говорить о том, что выбранные 5 белков гомологичны.