| Номер задания и его формулировка |
Ссылки на исходные файлы |
Команды |
Ссылки на выходные файлы |
| 1. Несколько файлов в формате fasta собрать в единый файл |
file1.fasta file2.fasta file3.fasta |
seqret -seq fasta::*.fasta -out 1n.fasta |
1n.fasta |
| 2. Один файл в формате fasta с несколькими последовательностями разделить на отдельные fasta файлы |
2file.fasta |
seqretsplit -seq 2file.fasta -auto |
hsp71_yeast.fasta prpc_emeni.fasta tert_schpo.fasta |
| 4. Транслировать (с первого кодона, то есть в первой рамке) кодирующие последовательности, лежащие в одном fasta файле, в аминокислотные, используя указанную таблицу генетического кода, и положить результат в один fasta файл. |
4file.fasta |
transeq -seq 4file.fasta -out 4n.fasta -table 4 |
4n.fasta |
| 5. Вывести открытые рамки длиной не менее заданной, имеющиеся в данной нуклеотидной последовательности |
5file.fasta |
getorf -seq 5file.fasta -out 5n.fasta -minsize 400 |
5n.fasta |
| 6. Перевести выравнивание из формата fasta в формат msf |
file1.fasta |
descseq -seq file1.fasta -out 6n.msf -osformat2 msf |
6n.fasta |
| 7. Выдать в файл число совпадающих букв между второй последовательностью выравнивания и всеми остальными (на выходе только имена последовательностей и числа) |
7file.fasta |
infoalign 7file.fasta -out 7n.fasta -refseq 2 -name -simcount -only |
7n.fasta |
| 10. Перемешать буквы в данной нуклеотидной последовательности |
10file.fasta |
shuffleseq -seq 10file.fasta -out 10n.fasta |
10n.fasta |
| 11. Создать три случайных нуклеотидных последовательностей длины 100 |
|
makenucseq -out 11n.fasta -auto -amount 3 -length 100 |
11n.fasta |
| 12. Найти частоты кодонов в данных кодирующих последовательностях |
10file.fasta |
cusp -seq 10file.fasta -out 12n.cusp |
12n.fasta |
| 14. Удалить символы гэпов из выравнивания (превратив его тем самым снова в набор невыровненных последовательностей) |
7file.fasta |
degapseq -seq 7file.fasta -out 14n.fasta |
14n.fasta |
© Агаева Зара, 2018