Филогенетическое дерево

Отобранные бактерии

Скобочная формула дерева

(((((PROMH, YERPE), HAEIN), PSEAE), (NEIMA, BURCA)), (ROSDO, AGRFC));

Изображение дерева

Ветви дерева

Дерево содержит 5 нетривиальных ветвей:

• {PROMH, YERPE} vs. {HAEIN, PSEAE, NEIMA, BURCA, ROSDO, AGRFC}
• {PROMH, YERPE, HAEIN} vs. {PSEAE, NEIMA, BURCA, ROSDO, AGRFC}
• {PROMH, YERPE, HAEIN, PSEAE} vs. {NEIMA, BURCA, ROSDO, AGRFC}
• {PROMH, YERPE, HAEIN, PSEAE, NEIMA, BURCA} vs. {ROSDO, AGRFC}
• {PROMH, YERPE, HAEIN, PSEAE, ROSDO, AGRFC} vs. {NEIMA, BURCA}

Таксономия

• Proteus mirabilis: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Morganellaceae; Proteus
• Yersinia pestis: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Yersiniaceae; Yersinia; Yersinia pseudotuberculosis complex
• Haemophilus influenzae: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Haemophilus
• Pseudomonas aeruginosa: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pseudomonadales; Pseudomonadaceae; Pseudomonas; Pseudomonas aeruginosa group
• Burkholderia cenocepacia: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Burkholderia; Burkholderia cepacia complex
• Neisseria meningitidis: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Betaproteobacteria; Neisseriales; Neisseriaceae; Neisseria
• Roseobacter denitrificans: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhodobacterales; Rhodobacteraceae; Roseobacter
• Agrobacterium fabrum: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Rhizobiaceae; Rhizobium/Agrobacterium group; Agrobacterium; Agrobacterium tumefaciens complex

Нетривиальные ветви как таксоны:

• {PROMH, YERPE} vs. {HAEIN, PSEAE, NEIMA, BURCA, ROSDO, AGRFC} - выделяет PROMH и YERPE в порядок (order) Enterobacterales
• {PROMH, YERPE, HAEIN} vs. {PSEAE, NEIMA, BURCA, ROSDO, AGRFC} - выделяет PROMH, YERPE и HAEIN в класс (class) Gammaproteobacteria
• {PROMH, YERPE, HAEIN, PSEAE} vs. {NEIMA, BURCA, ROSDO, AGRFC} - выделяет PROMH, YERPE, HAEIN и PSEAE в класс (class) Gammaproteobacteria
• {PROMH, YERPE, HAEIN, PSEAE, NEIMA, BURCA} vs. {ROSDO, AGRFC} - выделяет ROSDO и AGRFC в класс (class) Alphaproteobacteria
• {PROMH, YERPE, HAEIN, PSEAE, ROSDO, AGRFC} vs. {NEIMA, BURCA} - выделяет NEIMA и BURCA в класс (class) Betaproteobacteria

Построение и анализ дерева (из гомологов CLPX_ECOLI), содержащего паралоги

Дерево было реконструировано с помощью программы MEGA методом наибольшего правдоподобия.

Примеры паралогов: CLPX_AGRFC и HSLU_AGRFC, Q9HV48_PSEAE и HSLU_PSESE, FTSH_HAEIN и CLPX_HAEIN.

На дереве ниже каждая синяя скоба выделяет кладу, внутри которой все белки являются по отношению ддруг к другу ортологами:

Примеры отражённых на дереве следующих эволюционных событий:

• Дупликация гена. Сначала произошла дупликация гена, которая привела к появлению двух паралогов - RUVB и общего предка белков CLPX и HSLU. Затем произошла дупликация, приведшая к образованию других двух парологов - CLPX и HSLU.
• Разделение путей эволюции белков в результате видообразования. Например, CLPX_YEPRE и CLPX_PROMH имели общий предковый белок, который находился в организме общего предка YEPRE и PROMH, но в результате видообразования эти белки эволюционируют отдельно. По тому же принципу общий предок CLPX_AGRFC и CLPX_ROSDO эволюционировал отдельно от общего предка остальных белков клады 1.

© Агаева Зара, 2019