Ферменты и метаболические пути

1. Работа с KEGG PATHWAY

Общие сведения о метаболическом пути глутатиона

Рис. 1. Карта метаболического пути глутатиона. Источник: БД KEGG, идентификатор map00480.

Биосинтез глутатиона (γ-глутамилцистеинилглицин) протекает через две АТФ-зависимые стадии:

Глутатион играет важную роль в метаболизме клетки, в частности, поддерживает восстановленное состояние тиоловых групп в белках (SH) и тиол-дисульфидный баланс, участвует в синтезе лейкотриенов и восстановлении пероксидов.

Глутатион и его производные участвуют в ряде других метаболитических путей, некоторые из них (а также реакции и вещества которые включены в них) выделены на рис.1 одинаковыми цветами:

Цвет на рис.1 Метаболитический путь
светло-зеленый метаболизм цианаминокислот
серый метаболизм таурина и гипотарурина
розовый метаболизм цистеина и метионина
светло-розовый метаболизм глутамата
циановый биосинтез аргинина
голубой метаболизм трипанотиона

Метаболический путь глутатиона в разных доменах жизни

Рис. 2. Карта метаболического пути глутатиона у Ursus maritimus (белый медведь). Тип Chordata, класс Mammalia, порядок Carnivora.

Рис. 3. Карта метаболического пути глутатиона у Shewanella amazonensis. Тип Proteobacteria, класс Gammaproteobacteria, порядок Alteromonadales.

Рис. 4. Карта метаболического пути глутатиона у Thermococcus nautili. Тип Euryarchaeota, класс Thermococci, порядок Thermococcales.

На рис.2,3,4 зеленым выделены ферменты метаболитического пути глутатиона, присутствующие у данных организмов.

Thermococcus nautili имеет только три фермента, имеющих отношение к метаболическому пути глутатиона, причем реакции, в которых они участвуют, не последовательны (один фермент участвует в синтезе аргинина, другой в метаболизме трипатиона, третий в синтезе глутатиона), из чего можно сделать вывод, что данный организм не способен осуществлять метаболический путь глуатиона.

Метаболизм Shewanella amazonensis включает в себя последовательную цепь реакций, ведущих к образованию из L-глутамата, L-цистеина и глицина глутатиона, то есть для этого организма характерен синтез глутатиона; реакции, ведущии к деградации глутатиона до исходных компонентов и R-S-цистеина, у данной бактерии тоже есть. Также в метаболизме полярного медведя представлены реакции окисления глутатиона до дисульфида глутатиона- GSH → GSSG - и восстановления дтсульфида глутатиона обратно до глутатиона - ряд ферментативных реакций, характеризующих основную функциональную роль глутатиона в метаболизме клетки. Таким образом, у Shewanella amazonensis представлен метаболический путь глутатиона. Реакции метаболического пути трипанотиона, имеющие отношение к метаболизму глутатиона, представлены только одним ферментом. Данная бактерия способна к синтезу аргинина, но не в связке с метаболизмом глутатиона.

Метаболизм Ursus maritimus так же как и Shewanella amazonensis включает в себя цепь последоваельных реакций, ведущих от исходных веществ к глутатиону, реакций разложения и реакций GSH ⇔ GSSG. То есть организм полярного медведя способен к осуществлению метаболитического пути глутатиона, причем этот путь включает в себя превращение глутатиона в меркаптуровую кислоту (Shewanella amazonensis способна обеспечить превращение глутатиона только до R-S-цистеина). Некоторые ферменты из метаболитического пути трипанотиона присутствуют в метаболизме полярного медведя, до реакции, ими осуществляемые, непоследовательны и с метаболизмом глутатиона не связаны, ровно как и синтез аргинина.

Работа с KEGG REACTION

Реакция окисления глутатиона в базе данных KEGG

Реакция представлена в базе даннных KEGG под идентификатором R00115; ссылка на страницу реакции: https://www.genome.jp/dbget-bin/www_bget?rn:R00115. На рис. 1 окошко с EC кодом данной реакции покрашено фиолетовым.

Рис. 5. Реакция окисления глутатиона


© Агаева Зара, 2019