Молекулярный докинг

С помощью pdb2gmx добавила водороды к структурам

pdb2gmx -f amylase.pdb -o amylase_h.pdb -p amylase_topol.top -ignh -ff gromos53a6 -water spc

pdb2gmx -f camelid.pdb -o camelid_h.pdb -p camelid_topol.top -ignh -ff gromos53a6 -water spc

Затем использовала mark_sur

mark_sur amylase_h.pdb amylase_hm.pdb

mark_sur camelid_h.pdb camelid_hm.pdb

Если запросить подсказку по mark_sur, (mark_sur -h), то выдается это:

Usage: mark_sur in_pdb_file out_pdb_file Mark the surface residues of a PDB file

Запустила докинг:

zdock -L amylase_hm.pdb -R camelid_hm.pdb

Запустила zrank для предварительного анализа докинга

zrank zdock.out.cp 1 2000

sort -n -k2 zdock.out.cp.zr.out | head

Лучшим резуальтатом оказался № 1560, его сохранила в pdb. Сравним теперь со структурой 1kxt

import __main__

__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-x' ]

import pymol
 
pymol.finish_launching()
 
from pymol import cmd

from IPython.display import Image

cmd.do('''
reinitialize
load complex.1560.pdb
fetch 1kxt
bg_color white
remove solvent
align 1kxt, 1560
select cb, chain B
orient cb
''')
#Image(filename='pic1.png')

cmd.do('''
ray
png pic1.png
''')
Image(filename='pic1.png')

Видим, что докинг подтвердил сайт связывания, что хорошо.