Отчет студента Смирновой А. И. от 15 ноября 2007 г.

1. Команды, использованные при выполнении задания: 
seqret embl:AALF01000002 -sask
formatdb -i salty_proteome.fasta -n salt -p T
blastall -p blastx -d salt -i aalf01000002.fasta -o salty.fasta -e0.001

2. Для выплнения задания была выбрана программа blastx, потому что извлеченная из банка EMBL последовательность с AC AALF01000002 является нуклеотидной, а протеом S. typhimurium был дан в аминокислотной последовательности.

3. Гипотетические гены во фрагменте 195001-199000 
 

      3'---------------------------------------------------------------------------------------------------------------5'

      5'---[=>ген Q8ZNT8,883-1626]---[=>ген Q7CQB5,1631-2291]--[=>ген Q9ZNM2,2294-3091]--[=>ген Q8ZNT7,3214-3999]------3'

4. Расположение генов в секторе 90 генома Salmonella: 

   
      3'---------------------------------------------------------------------------------------------------------------5'
      
      5'---------------[=>ген yecC, 19563-20332]---[=>ген yecS, 20312-20996]--[=>ген yedO, 21001-21998]----------------3'

Соответствия найденных гипотетических генов и реальных генов из генома Salmonella typhimurium:

Гипотетический ген ген Q8ZNT8 ген Q7CQB5 ген Q9ZNM2 ген Q8ZNT7
Ген из генома Сальмонеллы yecC yecS fliY yedO
Сектор генома 90 из 220 90 из 220 91 из 220 90 из 220

Поскольку ген fliY находится в другом секторе генома и расположен далеко от последнего гена 90 сектора (длина сектора 24186 bp), он исключен из схемы.


| назад

© Smirnova Alexandra