Филогенетические деревья

1. Оценка достоверности реконструированной топологии с помощью бутстреп-анализа
   Был проведен бутстреп-анализ выравнивания мутированных последовательностей, соответствующих листьям дерева.
   
   - Создание 100 бутстреп-реплик выравнивания программой fseqboot:

   fseqboot ali.fasta -auto
   

   Результат: aligned.fseqboot
   
   - Полученные 100 выравниваний поданы на вход программе fdnaml. В выходном файле содержатся 100 скобочных формул, соответствующих реконструкциям, сделанным по каждому из выравниваний. Выходной файл >>
   
   - Была запущена программа fconsense.
   
   Результат: aligned.fconsense
   
   Консенсусное дерево:

   
     +----------------------------------Cmutant
     |
     |                           +------Amutant
     |                    +-82.0-|
     |             +-52.0-|      +------Bmutant
     |             |      |
     |      +-39.0-|      +-------------Fmutant
     |      |      |
     +------|      +--------------------Dmutant
            |
            +---------------------------Emutant
   
   

   A B C D E F
   * * . . . .
   * * . . . *
   * * . * . *
   

   Полученное дерево не совпадает с реальным.
   Бутстреп-анализ позволяет оценить статистическую надёжность каждого из узлов построенного дерева. Высокое значение показывает ветвь AB, эта ветвь встречается и в реальном дереве. Ветвь CE-DFBA встретилась всего 39 раз из 100, что звучит не очень убедительно. По данным из бутстреп анализа ветвь EF-ABCD из реального дерева встретилась всего 19 раз из 100, а ветвь CD-ABEF встретилась всего 39 раз из 100. Из полученных результатов можно сделать вывод, что полученное дерево лишь отчасти выглядит достоверным.
   
   
2. Скобочная формула данного дерева была подана на вход программе fdrawtree. Выходной файл в формате *.ps был переделан в формат *.gif при помощи программы GSview. Результат:
   
   
   
   Видно, что изображение сохраняет масштаб, заданный в скобочной формуле.