Практикум 11.

1.Выбор семейства доменов

Выбор был проведен случайно.В разделе семейств была выбрана буква А и найдено семейство AGS_C.Он превышал число последовательностей по выборке full (240 вместо 200),но как я посчитала незначительно.

2.Описание семейства доменов

3. Построение карты локального сходства

Была построена карта локального сходства для белков с наиболее представлеными доменными архитектурами(представлены выше)

Карта локального сходства двух белков с разной доменной архитектурой
Рис 1. Карта локального сходства двух белков с разной доменной архитектурой: W5YUL5_9ALTE (вертикальная ось) и A9EBS7_9RHOB (горизонтальная ось)

Видно, что произошла делеция в 2-3 аминокислоты.

4. Выравнивание доменов семейства на основании сходства двух подгрупп доменов Pfam

Для начала были убраны протеом с совпадениями свыше 97%,таким образом количество с 240 снизилось до 223.Далее они были разделены по группам методом дерева,получилось всего пять.Рассмотрим две самые крупные - отмечены белым и бежевым цветом.

Таблица 1. Различия групп
Колонка 80 87 165 174-176 259 262 274-276
Группа 1(белый) I V Y Много W,V V V Много V,A,R
Группа 2(желтый) F F L Много F,I M Y Много L,F,S

Ссылка на выравнивание в Jalview .

5. Таблица с белками из Uniprot с доменом семейства Pfam

По запросу database:(type:pfam PF18134) были найдены белки семейства и создана таблица с требуемыми данными.

Ссылка на таблицу.