Практикум 3

Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

Для того чтобы найти инвертированные участки в последовательности используется программа einverted.Однако с моей последовательностью с PDB 2fmt были проблемы, которые решились при сильном изменении параметров.В итоге использовалась данная команда:

! einverted -sequence rna.seq -gap 12 -threshold 0 -gap 8 -match 5 -mismatch 0  -outfile outfile -outseq seqout

В итоге были получены файлы outfile и seqout .

Далее с помощью алгоритма Зукера была предсказана вторичная структура тРНК.Результат хорошо соотносится с полученным при использовании find_pair.


Участок структуры Позиции в структуре(find_pair) Результаты предсказания с помощью einverted Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель 5'-902-907-3' 5'-966-971-3' Всего 6 пар Предсказано 5 пар из 6 Предсказано 6 пар
D стебель 5'-10-13-3' 5'-22-25-3' Всего 4 пары Предсказано 3 пары из 4 Предсказано 4 пары
Т стебель 5'-49-53-3' 5'-61-65-3' Всего 5 пар Предсказано 5 пар из 5
Антикодоновый стебель 5'-38-44-3' 5'-26-32-3' Всего 7 пар Предсказано 5 пар из 5
Число канонических пар нуклеотидов 22 8 20

Рисунок 1. Результат предсказания по алгоритму Зукера.

Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Упражнение 1

Скрипт тут

Рисунок 2. Сама структура белка

Рисунок 3. ДНК в комплексе

Рисунок 4.Выделенные атомы О в декарбоксилазе

Рисунок 5. Выделенные атомы О в остатках фосфорной

Рисунок 6. Выделенные атомы N

Упражнение 2


Контакты атома белка с Полярные Неполярные Всего
Остатками 2'-дезоксирибозы 10 62 72
Остатками фосфорной кислоты 30 35 65
Остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 4 11 15
Остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 2 9 11

Упражнение 3

Файл pdb белка был с помощью remediator переведен в старый формат, после чего программой nucplot была создана схема ДНК-белковых контактов.

А можно и скачать