Практикум 10

Выравнивание геномов

Для выравнивания были выбраны бактерии рода Acinetobacter.Acinetobacter lwoffii входит в нормальную микрофлору кожи человека, но может вызывать гноение ран,Acinetobacter baumannii входит в комплекс ACB который резистентен с антибиотикам и ответственен за большинство больничных инфекций.[1][2].Данные организмы исколись с помощью "Browse by Organism" в NCBI с фильтрами на хромосомную и полную сборку.

После были получены карты локального сходства.

**Рис. 1.**Карта локального сходства последовательностей *Acinetobacter baumannii*(ось абсцисс) и *Acinetobacter lwoffii*(ось ординат), построенная megablast.

**Рис. 2.**Карта локального сходства последовательностей *Acinetobacter baumannii*(ось абсцисс) и *Acinetobacter lwoffii*(ось ординат), построенная blastn.

Megablast в принципе дает достаточно информации чтобы определить схожесть организмов,но в blastn это видно определено лучше, также появляется "шум".

Из полученных результатов видно, что начало у двух геномов разные так как мы видим линии параллельные друг другу.Неплохо,хоть и участками выравнивается с 2,5-3М,также виден ряд инверсий/делеций(но определить что это конкретно мне сложно) с 1,5-2,5М.В выравнивании blastn видно множество случайных совпадений, которые в некторых местах сгруппированы по вертикали (0,5;0,7;3,7).

Источники

[1] O'Shea M. K. Acinetobacter in modern warfare (неопр.) // International Journal of Antimicrobial Agents. — 2012. — May

[2]Ku, SC; Hsueh, PR; Yang, PC; Luh, KT (July 2000). "Clinical and microbiological characteristics of bacteremia caused by Acinetobacter lwoffii". European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases. 19