Практикум 7
Выбор качественной сборки генома эукариотического организма
Я выбрала вид из семейства кошачьих(Felidae) - кошку Жоффруа (лат. Leopardus geoffroyi или Oncifelis geoffroyi)
По размеру соотносима с домашними кошками, однако по окрасу практически полностью повторяет рисунок леопарда. Обитает в южной части Северной Америки, ареал простирается от Боливии до Патагонии. Из-за качественного меха и необычной окраски были практически истреблены браконьерами, но на данный момент вид находится под охраной Вашингтонской конвенции по защите природы и перешел из особо охраняемых видов в "вызывающие наименьшие опасения".[1]
Изначально я просто искала кого-то из семейства кошачьих с уровнем сборки Chromosome и выше, после чего выбрала из понравившихся. Однако введя Leopardus geoffroyi я получила только одну сборку. Стоит также отметить что при поиске можно найти метиса домашней кошки и Leopardus geoffroyi, что интересно из-за того что потомство от такого союза будет бесплодным в виду различия хромосомных наборов.
У Жоффруа 36 пар хромосом, но в сборке представлено только 18 штук.
У сборки GCA_018350155.1 уровень Chromosome, что означает что это последовательностей хромосом. Также она является референсной, то есть выбрана как лучшая среди других.
Характеристики выбранной сборки
| Характеристики выбранной сборки | |
|---|---|
| Идентификатор GenBank | GCA_018350155.1 |
| Идентификатор RefSeq | GCF_018350155.1 |
| Общий размер генома | 2.4 Gb |
| Scaffold N50 | 152.6 Mb |
| Scaffold L50 | 7 |
| Contig N50 | 104.5 Mb |
| Contig N50 | 9 |
N50 - длина контига/скэффолда для которого половина от всех контигов/скэффолдов такой же или большей длины.
L50 - минимальное количество кончиков/скэффолдов в которых находится половина нуклеотидов сборки.
Загрузка файлов
Через NCBI FTP было загружено три файла