Практикум 1
Отобраные бактерии
| Отобраные бактерии |
|
| Acidothermus cellulolyticus |
ACIC1 |
| Bifidobacterium longum |
BIFLO |
| Clavibacter michiganensis |
CLAMS |
| Corynebacterium efficiens |
COREF |
| Mycolicibacterium vanbaalenii |
MYCVP |
| Nocardioides sp. |
NOCSJ |
| Streptomyces avermitilis |
STRAW |
| Thermobifida fusca |
THEFY |
Скобочная формула дерева
(((((STRAW,THEFY),ACIC1),NOCSJ),(CLAMS,BIFLO)),(MYCVP,COREF))
Изображение дерева
Нетривиальные ветви
{STRAW,THEFY} против {ACIC1,NOCSJ,CLAMS,BIFLD,MYCVP,COREF}
{STRAW,THEFY,ACIC1} против {NOCSJ,CLAMS,BIFLD,MYCVP,COREF}
{STRAW,THEFY,ACIC1,NOCSJ} против {CLAMS,BIFLD,MYCVP,COREF}
{STRAW,THEFY,ACIC1,NOCSJ} против {CLAMS,BIFLD}
{STRAW,THEFY,ACIC1,NOCSJ,CLAMS,BIFLD} против {MYCVP,COREF}
Таксоны
| Таксоны бактерий |
|
| ACIC1 |
cellular organisms |
Bacteria |
Terrabacteria group |
Actinomycetota |
Actinomycetes |
Acidothermales |
Acidothermaceae |
Acidothermus |
| BIFLO |
cellular organisms |
Bacteria |
Terrabacteria group |
Actinomycetota |
Actinomycetes |
Bifidobacteriales |
Bifidobacteriaceae |
Bifidobacterium |
| CLAMS |
cellular organisms |
Bacteria |
Terrabacteria group |
Actinomycetota |
Actinomycetes |
Micrococcales |
Microbacteriaceae |
Clavibacter |
| COREF |
cellular organisms |
Bacteria |
Terrabacteria group |
Actinomycetota |
Actinomycetes |
Mycobacteriales |
Corynebacteriaceae |
Corynebacterium |
| MYCVP |
cellular organisms |
Bacteria |
Terrabacteria group |
Actinomycetota |
Actinomycetes |
Mycobacteriales |
Mycobacteriaceae |
Mycolicibacterium |
| NOCSJ |
cellular organisms |
Bacteria |
Terrabacteria group |
Actinomycetota |
Actinomycetes |
Propionibacteriales |
Nocardioidaceae |
Nocardioides |
| STRAW |
cellular organisms |
Bacteria |
Terrabacteria group |
Actinomycetota |
Actinomycetes |
Kitasatosporales |
Streptomycetaceae |
Streptomyces |
| THEFY |
cellular organisms |
Bacteria |
Terrabacteria group |
Actinomycetota |
Actinomycetes |
Streptosporangiales |
Nocardiopsaceae |
Thermobifida |
Ветви и отделяемые группы
{STRAW,THEFY} против {ACIC1,NOCSJ,CLAMS,BIFLD,MYCVP,COREF}. Тут интересно что,у STRAW и THEFY после Actinomycetes идут разные группы,но они в одной ветви.Как оказалось Kitasatosporales для STRAW отделили только в конце 2022 года, до этого она была в Streptosporangiales как и THEFY
{STRAW,THEFY,ACIC1} против {NOCSJ,CLAMS,BIFLD,MYCVP,COREF}
{STRAW,THEFY,ACIC1,NOCSJ} против {CLAMS,BIFLD,MYCVP,COREF}.Тут ситуация похожа на то что выше, поэтому далее я не буду обращать внимание на STRAW,а то она все ломает.Однако мне снова повезло попасть на ветку с большим количеством относительно свежих изменений, так как оказалось Nocardiopsaceae,Nocardioidaceae и Acidothermaceae очень близкие группы.
{STRAW,THEFY,ACIC1,NOCSJ} против {CLAMS,BIFLD}
{STRAW,THEFY,ACIC1,NOCSJ,CLAMS,BIFLD} против {MYCVP,COREF}.{MYCVP,COREF} отделены по Mycobacteriales