Практикум 11

GO

Для выполнения задания использовался список генов который можно увидеть здесь, ху из ит я не знаю, так что смотрим.

Сначала я решила глянуть в GO, что там происходит и за какие процессы они отвечают. По данным видно что гены чаще всего экспрессируют белки, которые участвуют в биосинтезе гормонов, в процессинге гормонов, и еще в клеточном ответе на стимул жасмоновой кислоты, которая вроде как отвечает за заживление тканей у человека, но по большей части тусит в растениях.

Вообще забавная база данных, можно ткнуть на любой из процессов и посмотреть на все белки процесса, и в другие базы данных она переправляет.

aln
Рис.1 Выдача GO

STRING

Дальше я решила посмотреть базу данных STRING.

Как результат мы получили граф в который входят все белки кроме одного(а еще для всех белочков есть структурка). Первым понятным порывом было посмотреть почему BCO2 сидит отдельно, оказалось что он единственная оксигеназа, остальные это в большинстве своем дегирогеназы, а еще есть сульфотрансеразы и редуктазы.

В разделе Analysis во первых подтвердились данные базы данных GO, во вторых было выяснено что белки обычно находятся в эндоплазматическом ретикулуме.

Я еще посмотрела совместное появление генов,я конечно подозревала, что они все есть у Opisthokonta(но вдруг),в общем моя догадка подтвердилась. Также оказалось, что у меня довольно много консервативных генов, что довольно интересно.

Потом я посмотрела коэкспрессию генов, и увидела ... ну в принципе ничего. Для человека вообще все грустно, для других организмов есть, но все очень слабо обосновано. Так что совместная экспрессия моим генам не характерна :с

aln
Рис.2 Граф String (вы тоже испугались мешанины? Я да)
aln
Рис.3 Верхушка в таблице биологических процессов
aln
Рис.4Распространенность белков
aln
Рис.5 Схема совместной экспрессии, но тут только обнять коленки и плакать

REACTOME

Буду честной, ничего особо нового тут нет, я вообще решила ее посмотреть потому что она красивые картинки делает. Подтвердилось, что они учавствуют в метаболизме гормонов и стероидов, а еще жирных кислот. Из нового оказалось что у генов ADME как у преднизон и парацетомола (не особо уверена, что точно поняла что это значит, но факт остается фактом), также учавствуют сенсорном восприятии. Ну и по мелочи они есть в постранстляционных модификациях белков, и ответственны за заболевания метаболизма.

aln
Рис.6 Очень красивая выдача Reacfoam