Визуализация молекул в JMol
| Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре | |||
|---|---|---|---|
| # | Имена атомов | Длина связи (Å) | Угол N-O-C (°) |
| Альфа-спирали | |||
| 1 | N(286VAL)- O(281LEU) | 3.35 | 151.2 |
| 2 | N(290MET)- O(286VAL) | 2.88 | 159.3 |
| 3 | N(291ARG)- O(287ILE) | 2.83 | 168.5 |
| 4 | N(287ILE)- O(282ILE) | 2.9 | 168.2 |
| Бета-тяжи | |||
| 1 | N(137VAL)- O(167PRO) | 3.02 | 163.4 |
| 2 | N(169ILE)- O(137VAL) | 2.93 | 159.6 |
| 3 | N(139ALA)- O(169ILE) | 3.53 | 131.8 |
| 4 | N(171HIS)- O(139ALA) | 3.0 | 159.9 |
Вывод о типичных значениях параметров водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре:
 Рис. 1. Углы в одной из альфа спиралей. |
 Рис. 2. Углы в одном из бета-тяжей. |
На рисунках 1 и 2 видно, что углы водородных связей в данной альфа-спирали варьируют от 113.1 до 168.5 градусов, в то время как углы в данном бета-тяже варьируют от 131.8 до 163.4 градусов. Так как сила водородной связи растет вместе с ее углом и наименьший угол в альфа-спирали заметно меньше такового в бета-тяже, то можем сделать вывод, что альфа спирали немного более устойчивые структуры по сравнению с бета тяжами. Также можно заметить отсутствие углов, больших 170. Это может быть объяснено тем, что выгода от одной связи с большим углом была бы заметно меньше, чем от нескольких с немного меньшими углами. Еще можно увидеть корелляцию между углом и длиной связи - в большинстве случаев большему углу соответствует большая длина связи. Данный вывод основан лишь на измерении углов в одной альфа-спирали и одном бета-тяже одного белка, поэтому выводы, полученные тут, могут быть ошибочны ввиду недостатка измерений.