Анализ множественных выравниваний
1a. Вертикальные блоки
Рисунок 1. Вертикальные блоки.
1b. Один блок из части последовательностей
Аргументы в пользу гомологии отдельных остатков в сгруппированных последовательностях: высокое сходство этих последовательностей между собой при отсутствии сходства с другими последовательностями.
Рисунок 2. Один блок из части последовательностей.
2a. Число и процент консервативных позиций для блока 54-61
Число абсолютно консервативных позиций: 1.
Процент абсолютно консервативных позиций: 12.5%.
Число абсолютно функционально консервативных позиций: 5.
Процент абсолютно функционально консервативных позиций: 62.5%.
2b. Число и процент позиций с гепами для самого длинного участка выравнивания, не входящего в состав блоков.
Число позиций с гэпами: 26.
Процент позиций с гэпами: 49%.
4. Консенсусная последовательность и LOGO для блока 54-61
Консенсусная последовательность для блока 54-61: LGDIVFVE.
Рисунок 3. LOGO для блока 54-61.
5. Паттерн для блока 54-61
[LM]-G-[DK]-[VI]-[TV]-[FY]-[VA]-[ED].
6. Выравнивание с заведомо негомологичной последовательностью
Удалось найти 3 консервативных позиции, что составляет 8.1% от суммарной длины вертикальных блоков.
Рисунок 4. Выравнивание с заведомо негомологичной последовательностью.
7. Множественное "выравнивание" заведомо негомологичных белков
Число абсолютно консервативных позиций для блока 611-615: 0.
Процент абсолютно консервативных позиций для блока 611-615: 0%.
Число абсолютно функционально консервативных позиций для блока 611-615: 2.
Процент абсолютно функционально консервативных позиций для блока 611-615: 40%.
Число позиций с гэпами для самого длинного участка выравнивания, не входящего в состав блоков: 287.
Процент позиций с гэпами для самого длинного участка выравнивания, не входящего в состав блоков: 79.5%.
Рисунок 5. Множественное "выравнивание" заведомо негомологичных белков.