Краткий обзор Тиофосной гидролазы
1. Тиофосная гидролаза относится является лактоназой. Белок получен из термофильной археи Vulcanisaeta moutnovskia, таким образом он является термоустойчивым (Tm = 128°C) [1]. Структура изучена для всего белка, в записях PDB он представлен одной цепью.
Таблица 1. Информация о Тиофосной гидролазе
| Параметр | Значение |
|---|---|
| Uniprot ID | F0QXN6_VULM7 |
| Uniprot AC | F0QXN6 |
| Refseq ID | WP_013605612.1 |
| PDB ID | 4RDY, 4RDZ, 4RE0 |
| Длина | 315 AA |
| Молекулярная масса | 35458 MW |
| Рекомендуемое Unirpot название | Parathion hydrolase |
2. Как видно из таблицы 2, в кластерах UniRef100 и UniRef 90 находится лишь сама тиофосная гидролаза. В кластере UniRef50 помимо нее находятся еще два белка, принадлежащих организмам того же рода (Vulcanisaeta).
Таблица 2. Информация о кластерах
| Кластер | Идентификатор кластера | Количество белков |
|---|---|---|
| UniRef100 | UniRef100_F0QXN6 | 1 |
| UniRef90 | UniRef90_F0QXN6 | 1 |
| UniRef50 | UniRef50_F0QXN6 | 3 |
3. Конечно размер выборки мал, но судя по данным из таблицы 3, белки животных, особенно позвоночных, изучают гораздо интенсивнее, чем белки простейших. Данный вывод не кажется удивительным, ведь люди всегда стремились изучать подобное себе. К тому же изучать простейших гораздо сложнее ввиду их размера и проблем с их ловлей и содержанием.
Таблица 3. Сеансы поиска
| Текст запроса | Количество найденных белков | Количество белков из раздела Reviewed |
|---|---|---|
| name:parathion name:hydrolase | 163 | 26 |
| name:parathion name:hydrolase taxonomy:thermoproteaceae | 1 | 0 |
| name:parathion name:hydrolase taxonomy:crenarchaeota | 4 | 0 |
| name:hemoglobin | 8374 | 944 |
| name:hemoglobin taxonomy:metazoa | 3357 | 838 |
| name:hemoglobin taxonomy:vertebrata | 2442 | 821 |
| name:trypsin | 11159 | 301 |
| name:trypsin inhibitor | 2603 | 209 |
Источники:
[1] — Crystal structure of VmoLac bound to 3-oxo-C10 AHL, RCSB PDB.