Комплексы ДНК-белок.

Задание 1

Таблица 1. Парметры разных форм ДНК:

Участок структуры	Позиции в структуре (по результатам find_pair)	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5'-501-507-3' 5'-566-572-3' Всего 7 пар	предсказано 5 пар из 7 реальных	предсказано 7 пар из 7 реальных
D-стебель	5'-510-513-3' 5'-522-525-3' Всего 4 пар	предсказано 0 пар из 4 реальных	предсказано 5 пар из 4 реальных
T-стебель	5'-549-553-3' 5'-561-565-3' Всего 5 пар	предсказано 0 пар из 5 реальных	предсказано 5 пар из 5 реальных
Антикодоновый стебель	5'-538-544-3' 5'-526-532-3' Всего 7 пар	предсказано 0 пар из 7 реальных	предсказано 5 пар из 7 реальных
Общее число канонических пар нуклеотидов	23	5	22

Рисунок 1. Лучшее предсказание (первое по счету).

Задание 2.1

Задание 2.2

Таблица 2. Контакты разного типа в комплексе 1DFM.pdb:

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	0	65	65
остатками фосфорной кислоты	39	30	69
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	10	16	26
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	2	2

Белок охотней контачит с остовом (что не удивительно, исходя из пространственного строения спирали). Количества контактов с сахаром и фосфатом примерно равны, причем с сахаром есть исключительно неполярные взаимодействия, в то время как с фосфатом полярных контактов чуть-чуть побольше. Белок немного взаимодействует с большой бороздкой (где немного больше полярных контактов) и почти совсем не взаимодействует с маленькой.

Задание 2.3

Рисунок 2. Схема ДНК-белковых контактов, полученная с помощью программы nucplot (Страница 1).

Рисунок 3. Схема ДНК-белковых контактов, полученная с помощью программы nucplot (Страница 2).

Задание 2.4

На схеме два остатка имеют по два контакта с ДНК: это ASN140:A и ASN140:B. По моему мнению, эти же два остатка являются наиболее важными для распознавания последовательности ДНК, так как они имеют по два полярных контакта с двумя последовательными азотистыми основаниями (C и T).

Рисунок 4. ASN140:A и DC11 и DT12.

Рисунок 5. ASN140:B и DC27 и DT28.