Чтение последовательностей по Сэнгеру.

Характеристика хроматограммы в целом

Обоснование решений для четырех проблемных нуклеотидов или полиморфизмов:

Прямая цепь Обратная цепь Решение и обоснование
f1 r1 N → c: уровень сигнала тимина чуть больше среднего уровня шума, и в обратной последовательности цитозин.
f2 r2 N → a: уровень сигнала гуанина чуть больше среднего уровня шума, и в обратной последовательности аденин.
f3 r3 N → a: уровень сигнала гуанина чуть больше среднего уровня шума, и в обратной последовательности аденин.
r4 N → y: уровень сигнала тимина намного больше среднего уровня шума, в обратной последовательности данный участок нечитаем.

Всего было найдено три проблемных нуклеотида в прямой последовательности и 6 в обратной.

Ссылки

Прямая цепь (ab1)

Обратная цепь (ab1)

Прямая цепь (fasta)

Обратная цепь (fasta)

Выравнивание

Пример не читаемого фрагмента хроматограммы

bad

Рисунок 1. Данный фрагмент хроматограммы не читаем, так как на нем невозможно отличить шум от сигнала.