Что такое филогенетическое дерево

1. Отобранные бактерии

Название Мнемоника
Clostridium tetani CLOTE
Clostridium botulinum CLOBA
Finegoldia magna FINM2
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus LACDA
Lactobacillus acidophilus LACAC
Lactococcus lactis subsp. cremoris LACLM
Streptococcus pyogenes serotype M1 STRP1

2. Скобочная форма дерева

(((CLOTE, CLOBA), FINM2), ((LACDA, LACAC), (LACLM, STRP1)))

3. Изображение дерева

tree

Рисунок 1. Филогенетическое дерево, полученное с помощью программы MEGA.

4. Нетривиальные ветви

  1. {CLOTE, CLOBA} против {FINM2, LACDA, LACAC, LACLM, STRP1}
  2. {CLOTE, CLOBA, FINM2} против {LACDA, LACAC, LACLM, STRP1}
  3. {LACDA, LACAC} против {CLOTE, CLOBA, FINM2, LACLM, STRP1}
  4. {LACLM, STRP1} против {CLOTE, CLOBA, FINM2, LACDA, LACAC}

5. Таксономия

Название Таксономия
Clostridium tetani Clostridia > Clostridiales > Clostridiaceae > Clostridium
Clostridium botulinum Clostridia > Clostridiales > Clostridiaceae > Clostridium
Finegoldia magna Tissierellia > Tissierellales > Peptoniphilaceae > Finegoldia
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus Bacilli > Lactobacillales > Lactobacillaceae > Lactobacillus > Lactobacillus delbrueckii
Lactobacillus acidophilus Bacilli > Lactobacillales > Lactobacillaceae > Lactobacillus
Lactococcus lactis subsp. cremoris Bacilli > Lactobacillales > Streptococcaceae > Lactococcus > Lactococcus lactis
Streptococcus pyogenes serotype M1 Bacilli > Lactobacillales > Streptococcaceae > Streptococcus > Streptococcus pyogenes
tree

Рисунок 2. Филогенетическое дерево с таксономией.

Все организмы входят в состав типа Firmicutes. Однако CLOTE, CLOBA и FINM2 имеют разные классы, в следствие чего нельзя сопоставить таксон и нетривиальную ветвь, их объединяющую.

6. Укоренение в среднюю точку

tree

Рисунок 3. Укоренённое дерево, сделанное программой MEGA.

Дерево получилось почти такое же, как "правильное": два листа "поменялись местами", - так что укоренение вполне можно считать правильным.