Филогенетическое дерево 2.0

1. Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

Нуклеотидные последовательности 16s rRNA были получены из базы полных геномов NCBI (из файлов с расширением .frn). Они были записаны в общий файл и выровнены с помощью сервиса Muscle. Полученное выравнивание было открыто в программе MEGA, где по нему было реконструировано филогенетическое дерево методом Maximum Likelihood.

tree tree

Рисунок 1. Филогенетическое дерево нуклеотидных последовательностей, полученное с помощью программы MEGA.

Рисунок 2. Эталонное филогенетическое дерево.

Полученное дерево полностью совпадает с эталонным, так что можно утверждать, что качество реконструкции по нуклеотидам лучше, чем по белкам.

2. Построение и анализ дерева, содержащего паралоги

В выбранных бактериях были найдены гомологи белка CLPX_BACSU с помощью BLAST'а (blastp) на сайте NCBI, устанавливая фильтр по организму, а в качестве банка — "nr". Из полученных последовательностей выбирались только достоверные гомологи , которые я затем объединил в один файл. Для удобства названия последовательностей были сокращены до мнемоники вида и идентификатора белка. Затем, белки были выровнены в программе MEGA, где затем было реконструировано филогенетическое дерево методом Maximum Likelihood.

tree

Рисунок 3. Дерево последовательностей гомологов, полученное с помощью программы MEGA.

Примеры ортологов

  1. FINM2_cell_division_protein_FtsH и CLOBA_cell_division_protein_FtsH
  2. FINM2_ATP-dependent_Clp_protease_ATP-binding_subunit_ClpX и CLOBA_ATP-dependent_Clp_protease_ATP-binding_subunit_ClpX

Примеры паралогов

  1. CLOBA_ATP-dependent_Clp_protease_ATP-binding_subunit_ClpC и CLOBA_ATP-dependent_chaperone_ClpB
  2. FINM2_cell_division_protein_FtsH и FINM2_cell_division_protein_FtsH_Finegoldia_magna