Геномное окружение. База данных GO

1. Получение информации о КОГе, к которому относится мой белок

Работа производилась с белком с идентификатором YP_004245953.1.

ID	E-value	Координаты(длина)	Название	Функциональная группа
COG1735	5.26e-100	12-315(304)	Predicted metal-dependent hydrolase, phosphotriesterase family (предсказанная металлозависимая гидролаза, семейство фосфотриестираз)	R - General function prediction only (Предсказание только общей функции)
COG1099	2.03e-03	165-312(148)	Predicted metal-dependent hydrolase, TIM-barrel fold (предсказанная металлозависимая гидролаза, свертка Тимы-бочки)	R - General function prediction only (Предсказание только общей функции)

2. Визуализация геномного окружения

Для дальнейшей работы был выбран КОГ с наименьшим E-value (COG1735). Геномное окружение было получено с помощью STRING с параметрами по умолчанию.

Рисунок 1. Геномное окружение COG1735, полученное в программе STRING.

Рисунок 2. Легенда к геномному окружению.

Рисунок 3. Функциональные взаимосвязи с другими белками графа.

Рисунок 4. Соседи в различных организмах.

Рисунок 5. Совместная встречаемость генов.

Из рисунков 1-5 можно сделать вывод, что у данного КОГа нету консервативного окружения (Рис. 1-3: все связи с другими белками основаны на соупоминании в статьях; Рис. 4-5: отсутсвие совместной встречаемости).

3. Отнесение белка с идентификатором YP_004245953.1 из Vulcanisaeta moutnovskia к терминам GO

С помощью инструмента AmiGO поиском BLAST в БД GO был обнаружен белок, похожий на наш. Выравнивание имеет E-value 4.8e-31. Найденный белок не является тем же самым, что и у нас, и принадлежит рыбе Danio rerio. Danio rerio является чуть более сложной формой жизни нежели наша архея, однако они имеют одинаковую среду обитания - воду (хим. состав и температура - это мелочи; так же как и то, что следующими в списке идут собаки, свиньи и люди). Таким образом, мы, удостоверившись в похожести находки, можем смело перекидывать ее ассоциации на наш белок, чем мы и займемся в таблицах 1-2.

Таблица 1. Термины GO, отнесенные к белку с идентификатором Uniprot Z4YJ58

Аспект	Идентификатор GO	Название термина	Перевод названия термина	Код типа достоверности
Биологический процесс	GO:0009056	Catabolic process	Катаболический процесс	IEA
Клеточный компонент	GO:0005575	Cellular component	Клеточный компонент	ND
Функция молекулы	GO:0016787	Hydrolase activity	Гидролазная активность	IEA
Функция молекулы	GO:0046872	Metal ion binding	Прицепление металлических ионов	IEA
Функция молекулы	GO:0008270	Zinc ion binding	Прицепление цинковых ионов	IEA

Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1

Код типа достоверности	Расшифровка кода типа достоверности	Объяснение
IEA	Inferred from Electronic Annotation	Информация получена автоматически исходя из похожести последовательностей в базах данных и не рецензирована.
ND	No Biological Data Available	Нету источника, на который можно сослаться