Мембранные белки
1. База данных OPM
Мне был выдан белок 1m0l_a, для которого в базе данных ОРМ было найдено предсказание.
Таблица 1. Описание белков.
| 1m0l_а | 2maf_а | |
|---|---|---|
| Толщина гидрофобной части мембраны | 31.8 ± 1.1 Å | 23.8 ± 1.0 Å |
| Координаты трансмембранных спиралей | 1(9-31), 2(43-62), 3(80-98), 4(108-127), 5(132-154), 6(173-196), 7(201-224) | 1( 8- 15), 2( 55- 64), 3( 65- 72), 4( 117- 124), 5( 133- 141), 6( 191- 201), 7( 208- 215), 8( 231- 236) |
| Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали (или одном β-тяже) белка | 21.86 | 8.5 |
| Местоположение белка | Мембрана архебактерии Halobacterium salinarum | Внешняя мембрана грамотрицательной бактерии Neisseria gonorrhoeae |
Рисунок 1. Белок 1m0l, p-сторона мембраны красная. |
Рисунок 2. Белок 2maf, p-сторона мембраны красная. |
2. Анализ предсказания трансмембранных спиралей
Рисунок 3. Предсказание TMHMM для 1m0l, вероятность (разными цветами) к номеру остатка. |
Рисунок 4. Предсказание Phobius для 1m0l, вероятность (разными цветами) к номеру остатка. |
Из рисунков 3 и 4 видно, что оба алгоритма нашли все семь трансмембранных регионов, но все они сдвинуты на десяток оснований к C-концу белка. Так же можно заметить, что TMHMM не так уверен в седьмом регионе, как Phobius.
3. База данных TCBD
В базе данных TCBD был найден только выданный мне белок 1m0l. Он имеет TCID 3.E.1.1.1:
- 3 – первичные активные переносчики. Напрямую использут энергию метаболизма для переноса молекул через мембрану.
- 3.E – переносчики, работающие засчет энергии света.
- 3.E.1 – семейство микробиальных родопсиновых ионных каналов.
- 3.E.1.1.1 – бактериородопсин.