Задача – создать выборку белков, выполняющих ту же функцию, что и пиридоксин 5'-фосфат синтаза из Escherichia coli, штамм К-12
Часть 1. Краткое описание прототипа по данным банка аминокислотных
последовательностей Swiss - Prot, release
|
Метка поля ( line code ) |
Запись |
Внутренний уникальный постоянный идентификатор документа |
AC |
P24223 |
Стандартное имя последовательности (идентификатор последовательности) |
ID |
PDXJ_ECOLI |
Название белка, отражающее его функции |
DE |
Pyridoxal phosphate biosynthetic protein pdxJ (PNP synthase).
|
Дата создания документа |
DT |
01-MAR-1992 |
Дата последнего исправления аннотации |
DT |
15-MAR-2004 |
Название организма |
OS |
Escherichia coli, and Escherichia coli O157:H7.
|
Полное название таксона |
OX |
NCBI_TaxID=562, 83334;
|
Длина последовательности |
SQ |
242 |
Молекулярная масса белка |
MW |
26253 Да |
Число публикаций, использованных при создании документа |
RN |
10 |
Название журнала с самой свежей публикацией |
RL |
Structure 9:245-253(2001).
|
Описание вторичной структуры |
FT |
Есть описание вторичной структуры, указаны номера аминокислотных остатков, входящих в ?-спирали и ?-листы или смежные структуры в изгибах цепи. |
Что содержит поле комментариев? |
СС |
Содержит:
1) функцию белка: катализирует реакцию 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate (DXP) + 1-amino-3-(phosphohydroxy)propan-2-one = pyridoxine 5'-phosphate (PNP). 2) Путь синтеза веществ: pyridoxine ( vitamin B 6) и pyridoxal phosphate 3) Субъединица : Homooctamer; tetramer of dimers. |
Какие особенности последовательности указаны? |
FT |
Представлено описание вторичной структуры. |
Идентификатор файла PDB |
DR |
1HO1; 28-MAR-01 . 1HO4; 28-MAR-01 . 1IXN; 11-FEB-03 . 1IXO; 11-FEB-03 . 1IXP; 11-FEB-03 . 1IXQ; 11-FEB-03 . 1M5W; 15-JUL-03.
|
Результаты поиска в БД UniProt
белков с тем же кратким описанием ( DE ), что и PDXJ_ECOLI
Запрос |
Археи ( Archaea ) |
Бактерии (Bacteria) |
Эукариоты (Eukaryota) |
Query "(((([uniprot-Description:Pyridoxal*] & [uniprot-Description:phosphate*]) & [uniprot-Description:biosynthetic*]) & [uniprot-Description:protein*]) & [uniprot-Taxonomy:Bacteria*]) " found 78 entries |
0 |
78 |
0 |
|
|
|
|
Часть 2. Описание процедуры составления выборки
Для составления выборки использовалась поисковая система SRS, банк данных UNIPROT. Поиск осуществлялся по графе "Description" и "Species". В графе "Description" указывалась функция белка, Pyridoxal phosphate biosynthetic protein pdxJ (PNP synthase) (катализирует реакцию 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate (DXP) + 1-amino-3-(phosphohydroxy)propan-2-one = pyridoxine 5'-phosphate (PNP)), а в графе "Species" названия двух организмов (Pseudomonas aeruginosa и Yersinia pestis). Всего было найдено 2 документа.
Часть 3. Описание выборки
В выборку были включены последовательности, функции которых соответствовали функции описанного выше белка, а именно, Pyridoxal phosphate biosynthetic protein pdxJ (PNP synthase), а также необходимым условием включения была принадлежность к указанным выше организмам (Pseudomonas aeruginosa и Yersinia pestis).
№ |
ID |
AC |
Организм |
Таксон |
1 |
PDXJ_ECOL6 |
Q8FF18 |
ESCHERICHIA COLI O6 |
BACTERIA |
2 |
PDXJ_ECOLI |
P24223 |
ESCHERICHIA COLI, AND ESCHERICHIA COLI O157:H7 |
BACTERIA |
3 |
PDXJ_PSEAE |
Q9I5G5 |
PSEUDOMONAS AERUGINOSA |
BACTERIA |
4 |
PDXJ_YERPE |
Q8ZCP4 |
YERSINIA PESTIS |
BACTERIA |
5 |
PDXJ_AGRT5 |
Q8UDU5 |
AGROBACTERIUM TUMEFACIENS |
BACTERIA |
6 |
PDXJ_ANASP |
Q8Z080 |
ANABAENA SP |
BACTERIA |
7 |
PDXJ_AQUAE |
O67417 |
AQUIFEX AEOLICUS |
BACTERIA |