Белок Elongation factor 1-alpha археи Acidilobus saccharovorans 345-15
Рис. 1. Белок Elongation factor 1-alpha
Информация о белке
Русское название: фактор элонгации 1-альфа.
Здесь можно посмотреть аминокислотную последовательность белка в формате fasta.
Здесь можно посмотреть нуклеотидную последовательность гена данного белка в формте fasta.
Таблица 1, представленная ниже, содержит данные о белке Elongation factor 1-alpha.
| Таблица 1. Информация о белке фактора элонгации 1-альфа из организма Acidilobus saccharovorans 345-15 (YP_003816619.1) | |
|---|---|
| Вид информации | Значение |
| Локус гена в геноме | ASAC_1183 |
| Имя гена | нет |
| Идентификатор гена в базе Gene | 9499435 |
| Начало гена в геноме | 1175244 |
| Конец гена в геноме | 1176554 |
| На какой цепи кодируется ген (прямая или обратная) | прямая |
| Длина гена (в парах нуклеотидов) | 1311 |
| Идентификатор белка в базе данных NCBI Protein | YP_003816619.1 |
| Длина белка (в аминокислотных остатках) | 436 |
Окружение гена белка в геноме археи
Как видно из Рис. 2, ближайшими соседями гена белка Elongation factor 1-alpha являются гены белков 30S ribosomal protein S7 (YP_003816618.1) и 30S ribosomal protein S10 (YP_003816620.1). Направление каждого из представленных генов +1 (они располагаются на прямой цепи ДНК).
Расстояние от гена белка Elongation factor 1-alpha до гена белка 30S ribosomal protein S7: 96 п.н.
Расстояние от гена белка Elongation factor 1-alpha до гена белка 30S ribosomal protein S10: 29 п.н.
Рамки считывания соседей относительно рассматриваемого гена определяются по формуле: рамка = остаток от деления числа r на три, где r = (номер 1-го нукл. 1-го гена) - (номер 1-го нукл. 2-го гена), т.к. все 3 гена находятся на одной цепи.
Рамка считывания гена белка 30S ribosomal protein S7: r = 1174538 - 1175244 = -706, тогда рамка = +2
Рамка считывания гена белка 30S ribosomal protein S10: r = 1175244 - 1176582 = -1338, тогда рамка = +0
Рис. 2. Окружение гена белка Elongation factor 1-alpha в геноме археи Acidilobus saccharovorans 345-15.
Рассматриваемый ген выделен в рамку по центру изображения. Ближайший слева от рассматриваемого гена: ген белка 30S ribosomal protein S7 (YP_003816618.1).
Ближайший справа от рассматриваемого гена: ген белка 30S ribosomal protein S10 (YP_003816620.1) и ген фермента Serine—tRNA ligase (ASAC_R0042).
Рисунок получен с помощью геномного браузера сайта NCBI [1].
Рассматриваемый ген и оба его ближайших соседа могут входить в один оперон, т.к. расстояния между этими генами очень малы.
Два ближайших соседа рассматриваемого гена могкт оказаться функционально связанными друг с другом, т.к. их названия почти полностью совпадают.
Скорее всего, только эти три гена могут составлять один оперон, т.к. расстояния от соседей рассматриваемого гена до соседних генов велико:
- расстояние между генами ASAC_1180 (на Рис. 1 - крайний слева) и ASAC_1182: 849 нуклеотидов;
- расстояние между генами ASAC_1184 и ASAC_1185 (на Рис. 1 - крайний справа): 330 нуклеотидов.